当犯罪嫌疑人死亡时，司法机关会根据案件所处的不同阶段，采取不同的处理方式，以确保案件的合理终结。以下是详细的解答：

一、侦查阶段

• 处理方式：侦查机关会撤销案件。
• 原因：犯罪嫌疑人已死亡，无法继续开展刑事诉讼活动，也就不能再追究其刑事责任，案件因此失去了继续侦查的意义。

二、审查起诉阶段

• 处理方式：检察院会作出不起诉决定。
• 原因：由于犯罪嫌疑人已死亡，不符合起诉条件，因此会终止诉讼程序。这属于法定不起诉的情形。

三、审判阶段

• 一般处理方式：法院会裁定终止审理。
• 特殊情况：如果有证据能够证明被告人无罪，并且法院经过缺席审理确认其无罪，会依法作出无罪判决。

四、涉案财产的处理

• 侦查阶段：公安机关会撤销案件，对于查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人的财物及其孳息，如果属于被害人的合法财产，会及时返还。
• 审查起诉阶段：检察院作出不起诉决定后，对被冻结的犯罪嫌疑人存款、汇款等财产需要没收或返还被害人的，可以申请法院裁定通知金融机构上缴国库或返还被害人。
• 审判阶段：对于违法所得及其他涉案财产，会依照《刑事诉讼法》规定的犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序处理。

五、民事赔偿问题的解决

• 有遗产的情况：若犯罪嫌疑人有遗产，被害人可以通过附带民事诉讼或单独民事诉讼，要求用犯罪嫌疑人的遗产进行赔偿。继承人以所得遗产实际价值为限清偿被继承人依法应当缴纳的税款和债务。
• 无遗产的情况：若犯罪嫌疑人无遗产，民事赔偿之债消灭，被害人无法获得赔偿。

综上所述，犯罪嫌疑人死亡后，司法机关会依据法律程序和实际情况，对案件进行妥善处理，确保案件的合理终结。同时，对于涉案财产和民事赔偿问题，也会依法进行相应处理。