农村自建房不办不动产证，将会产生一系列不良后果，这些后果主要围绕房屋所有权的明确性、房屋交易的合法性以及拆迁补偿的获取等方面展开。具体来说：

1. 房屋所有权不明确：

   • 农村自建房若未办理不动产证，即使房屋已经建成并入住，其在法律上的所有权仍然处于不确定状态。这意味着，房屋所有者可能无法充分证明其对房屋的合法拥有权，从而在未来的权益纠纷中处于不利地位。

2. 影响房屋交易与融资：

   • 没有不动产证的房屋，无法进行合法的买卖、赠与、置换、继承、出租等活动。即使签订了相关合同，这些合同也可能因缺乏合法的产权证明而被视为无效，无法得到法律的保护。
   • 同时，没有不动产证的房屋也无法办理抵押贷款等融资业务，因为银行在办理贷款时需要对房产证进行审核，以确保房屋的合法性和价值。

3. 拆迁补偿风险：

   • 在面临拆迁时，没有不动产证的房屋所有者可能无法按国家政策及相关拆迁法规获得拆迁补偿。这是因为拆迁补偿的发放通常基于房屋的合法产权证明，没有产权证明的房屋可能无法被认定为合法的拆迁对象，从而无法获得相应的补偿。

4. 其他法律风险：

   • 如果项目存在非法开发的情况，未办理不动产证的房屋有被强制拆除或被拍卖的风险。
   • 如果开发商存在违法行为，如未交齐土地出让金或将土地、房屋抵押给银行且未解除抵押等，那么新买的房子也可能面临被强制拆除或拍卖的风险。
   • 土地使用权期限届满时，没有不动产证的房屋所有者可能无法申请继续使用该土地，这将导致房屋所有者失去对该土地的使用权。

综上所述，农村自建房不办不动产证将带来诸多不良后果，包括房屋所有权不明确、影响房屋交易与融资、拆迁补偿风险以及其他法律风险。因此，建议房屋所有者尽快办理不动产证，以保障自己的合法权益。