女方在已有一个孩子的情况下，通常不可以办理独生子女证。以下是对此结论的详细解释：

1. 独生子女的定义：独生子女是指一对夫妻生育的唯一孩子，且该孩子没有同胞兄弟姐妹。在女方已有一个孩子，而男方有两个孩子的情况下，显然不符合独生子女的定义。

2. 办理独生子女证的条件：一般来说，办理独生子女证需要满足一定的条件，包括但不限于夫妻双方只生育一个孩子，且该孩子为双方的唯一子女。在本案例中，由于男方已有两个孩子，因此不符合办理独生子女证的条件。

3. 特殊情况的处理：虽然一般情况下不能办理独生子女证，但如果存在特殊情况（如男方的两个孩子中有一个或两个并非其亲生，或者存在其他法律上的特殊规定），则可能需要根据具体情况进行特殊处理。然而，这种特殊情况需要依据具体的法律法规和事实情况来判断，不能一概而论。

综上所述，根据独生子女的定义和办理独生子女证的条件，女方在已有一个孩子且男方有两个孩子的情况下，通常不可以办理独生子女证。如有其他特殊情况或疑问，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律解答。