残疾人所得税加计扣除的基数应为实发工资，而非应发工资。以下是对此问题的详细解答：

一、政策依据

根据《财政部 国家税务总局关于安置残疾人员就业有关企业所得税优惠政策问题的通知》（财税〔2009〕70号）以及企业所得税法第三十条及其实施条例第九十六条的规定，企业安置残疾人员的，在计算应纳税所得额时，可以按照支付给残疾职工工资的100%进行加计扣除。这里的“支付给残疾职工的工资”指的是实际发放给残疾职工的工资，即实发工资。

二、实发工资作为扣除基数的合理性

1. 实际发生原则：企业所得税的扣除遵循实际发生原则。实发工资是企业实际支付给残疾职工的劳动报酬，它反映了企业在安置残疾人就业方面的真实支出。

2. 政策扶持力度：以实发工资为加计扣除基数，能更准确地体现企业对残疾人就业的支持力度，并确保政策优惠与企业的实际贡献相匹配。

3. 税前扣除要求：企业在享受税收优惠政策时，必须确保相关费用已经实际发生，并保留相关凭证。实发工资作为实际发生的费用，满足税前扣除的要求。

三、实发工资与应发工资的区别

• 应发工资：指企业按照劳动合同或相关规定，应当支付给职工的工资总额，包括基本工资、奖金、津贴等，未扣除任何费用。
• 实发工资：在应发工资的基础上，扣除了职工个人应承担的各项费用（如社会保险费、住房公积金、个人所得税等）后，实际发放到职工手中的工资数额。

在残疾人所得税加计扣除的政策中，明确规定是按照实发工资进行计算，这与企业所得税法中关于税前扣除的实际发生原则是一致的。

四、实际操作建议

1. 确保工资实际发放：企业在享受残疾人工资加计扣除政策时，应确保工资已经实际发放给残疾人，并妥善保管相关发放记录。

2. 准确核算与申报：企业应准确核算残疾职工的工资支出，并在企业所得税申报时正确填写相关信息，以确保享受政策优惠。

3. 关注政策动态：由于税收政策可能随时间变化，企业应密切关注相关政策动态，及时调整税务处理策略。

综上所述，残疾人所得税加计扣除的基数应为实发工资。企业在享受此政策时，应严格遵守相关规定，确保工资的实际发放与准确核算。