关于法院判决建设工程合同约定质保金超过3%是否有效的问题，我可以给出以下分析：
结论前置：根据《建设工程质量保证金管理办法（2017修订）》的规定，建设工程质保金的总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。因此，如果合同中约定的质保金比例超过了3%，那么超出部分在法律上可能被视为无效。但具体效力还需结合案件实际情况及法院判决来综合判断。
详细分析：
法规依据：
- 《建设工程质量保证金管理办法（2017修订）》第七条明确规定：“发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。”这是判断质保金约定是否有效的关键法规依据。
司法实践：
- 在司法实践中，法院对于质保金超过3%的约定有不同的处理方式。一些法院认为，超出3%的部分无效，因为违反了《建设工程质量保证金管理办法》的规定。例如，最高院在某些案件中即持此观点，认为质量保证金约定应当按照不超过3%限额执行。
- 然而，也有法院认为，虽然《建设工程质量保证金管理办法》规定了3%的限额，但如果双方当事人自愿协商并同意了超过3%的质保金比例，那么该约定仍应视为有效。这种观点强调了当事人意思自治的原则。
综合判断：
- 在具体案件中，法院会综合考虑多种因素来判断质保金约定的效力。这些因素包括但不限于：合同双方的真实意思表示、合同约定的具体内容、工程实际情况、法律法规的适用等。
- 因此，即使合同中约定的质保金比例超过了3%，也不一定就意味着该约定完全无效。法院可能会根据案件的具体情况进行灵活处理。
法律建议：
- 对于发包人和承包人来说，在签订建设工程合同时，应严格遵守《建设工程质量保证金管理办法》的规定，确保质保金的约定不超过工程价款结算总额的3%。
- 如果双方有特殊情况需要约定更高的质保金比例，应充分协商并明确约定在合同中，同时考虑可能面临的法律风险。
- 在发生纠纷时，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的应对策略。
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