关于约定超过结算金额3%的工程质量保证金的效力问题，需分情况讨论：
若合同约定合法且未违反强制性规定：
- 效力认定：在建设工程合同中，双方约定工程质量保证金的比例，若该比例虽超过结算金额的3%，但并未违反法律、行政法规的强制性规定，且是双方真实意思表示，那么该约定通常是有效的。这是因为合同自由原则允许当事人在不违反法律强制性规定的前提下，自由约定合同条款。
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，受法律保护。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当认定为有效。
- 建议：在签订合同时，双方应充分协商，明确工程质量保证金的比例、支付方式、返还条件等，以确保合同条款的合法性和有效性。
若合同约定违反强制性规定或显失公平：
- 效力认定：如果约定的工程质量保证金比例过高，导致一方当事人承担过重的经济负担，或者该约定违反了法律、行政法规的强制性规定（如某些地区对工程质量保证金比例有上限规定），那么该约定可能被认定为无效或部分无效。
- 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。此外，如果合同显失公平，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 建议：在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保不违反法律、行政法规的强制性规定，并避免出现显失公平的情况。如果发现合同条款存在问题，应及时与对方协商修改或寻求法律救济。
实际操作中的注意事项：
- 比例合理性：虽然法律没有明确规定工程质量保证金的具体比例，但双方在约定时应考虑工程的实际情况、风险大小以及双方的承受能力，确保比例合理。
- 条款明确性：合同中应明确工程质量保证金的支付方式、返还条件、返还时间等，以避免后续产生纠纷。
- 法律审查：在签订合同前，建议双方对合同条款进行法律审查，确保合同内容的合法性和有效性。
总结与进一步思考：
- 约定超过结算金额3%的工程质量保证金的效力，取决于合同条款是否合法、是否违反强制性规定以及是否显失公平。
- 在实际操作中，双方应充分协商、明确条款，并进行法律审查，以确保合同的有效性和可执行性。
- 如果遇到合同纠纷或法律问题，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
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