高速公路上因车有故障停在应急车道，一般情况下不算违章。以下是对此问题的详细分析：

一、核心结论与法律依据

根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，机动车在高速公路上发生故障时，可以停在应急车道内，但必须立即开启危险报警闪光灯，并在车后150米外设置警告标志，车上人员应迅速转移到右侧路肩上或者应急车道内，并迅速报警。因此，在按照规定采取了必要的安全措施并报警的情况下，因故障停在应急车道不被视为违章。

二、具体情况分析

1. 故障无法移动：

   • 如果车辆发生故障无法移动，停在应急车道是合理的选择。
   • 驾驶人需确保立即开启危险报警闪光灯，设置警告标志，并迅速报警。

2. 故障可以移动但未移至应急车道：

   • 如果车辆发生故障但可以移动，驾驶人应尽可能将车辆移至应急车道或紧急停车带。
   • 未按要求移至应急车道而停在行车道内，可能被视为违法停车。

3. 未按规定设置警告标志或报警：

   • 即使车辆停在应急车道，如果未按规定设置警告标志或未及时报警，也可能被视为违法行为。

三、违法停车的法律后果

• 对于违法停车的行为，公安机关交通管理部门将依据相关规定对当事人进行处罚，包括处20元以上200元以下罚款。
• 驾驶营运客车在高速公路车道内停车的，一次记12分；驾驶其他机动车在高速公路车道内停车的，一次记6分；不按规定使用灯光和设置警告标志的，一次记3分。

四、建议与提醒

• 驾驶人在高速公路上行驶时，应时刻保持警惕，关注车辆状况。
• 如遇车辆故障或交通事故，应迅速采取安全措施，包括开启危险报警闪光灯、设置警告标志、转移车上人员，并及时报警。
• 了解并遵守相关法律法规，避免不必要的法律纠纷和处罚。

综上所述，高速公路上因车有故障停在应急车道，在按照规定采取了必要的安全措施并报警的情况下，一般不被视为违章。驾驶人应时刻牢记交通法规，确保行车安全合规。