在高速公路上发生事故后停在应急车道，即使两车已经协商好，也可能构成违法停车，具体取决于停车后的行为是否符合法律规定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 应急车道的合法使用条件

根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，应急车道是供工程救险、消防救援、医疗救护或民警执行紧急公务等处理应急事务的车辆使用的专用车道。非紧急情况下，任何车辆不得在应急车道内行驶或停车。这里的“紧急情况”通常指车辆发生故障无法正常行驶、车内人员突发危及生命的疾病等，需要立即停车处理或等待救援的情形。

2. 事故后停车在应急车道的合法性判断

• 若符合紧急情况：如果事故导致车辆无法继续行驶（如发动机损坏、轮胎脱落等），且无法移动至服务区或出口，此时停在应急车道是合法的。但需注意，即使合法停车，也必须按照规定开启危险报警闪光灯，并在车后150米以外设置警告标志（夜间或恶劣天气时需延长至200米），同时迅速报警或联系救援。
• 若不符合紧急情况：如果事故轻微，车辆仍可行驶（如轻微刮擦、追尾但无人员伤亡且车辆能移动），此时停在应急车道协商处理，即使两车已达成一致，也可能被认定为违法停车。因为这种情况下，车辆本应移至不妨碍交通的地点（如服务区、出口外）协商，而非占用应急车道。

3. 违法停车的法律后果

如果被认定为违法停车，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》及《道路交通安全法》的相关规定，可能面临以下处罚：

• 罚款：一般处200元罚款；
• 记分：非营运车辆驾驶人可能被记9分（根据最新记分规则，驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法停车的，一次记9分）；
• 其他后果：如果因违法停车导致交通事故或交通拥堵，还可能承担相应的民事赔偿责任或行政责任。

4. 建议与注意事项

• 优先保障安全：无论事故轻重，首先确保车内人员安全，迅速撤离至护栏外等安全地带；
• 及时报警并移车：如果车辆能移动，应立即移至不妨碍交通的地点协商或等待交警处理；如果无法移动，需按上述规定设置警告标志并报警；
• 保留证据：协商过程中可拍照或录像记录事故现场和协商情况，以便后续处理；
• 避免长时间占用应急车道：即使协商，也应尽量缩短时间，避免影响应急车辆通行。

总结：高速上发生事故后停在应急车道是否违法，关键看是否符合紧急情况及是否按规定设置警告标志、报警等。即使两车协商好，若不符合紧急情况或未按规定操作，仍可能构成违法停车。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，可以直接向我咨询。