当单位申请工伤的医院材料超过30天提交时，应依据《工伤保险条例》的相关规定走特殊申请流程。以下是详细的处理步骤和建议：
一、了解相关规定
- 用人单位责任：根据《工伤保险条例》，用人单位有责任在事故伤害发生之日或者被职工被诊断、鉴定为职业病之日起30天内，向统筹地区的社会保险行政部门提交工伤认定申请。
- 超期申请：若用人单位未能在规定时间内提交申请，必须向相关部门说明超期的原因，并经过同意后，依然能够申请工伤认定。但未经同意就超过30天，那么从事故伤害发生之日起到劳动保障行政部门受理工伤认定申请之日止，这段时间内符合规定的工伤待遇等相关费用，将由用人单位承担。
二、特殊申请流程
提交书面申请：
- 向社保行政部门提交书面申请，详细说明超期申报的原因。
- 原因需认定为不可抗力或有其他正当理由，如突发重大自然灾害（洪水、地震等）导致单位无法及时申报，或单位相关负责人失联致使申报工作延误等。
准备证明材料：
- 劳动合同：证明职工与单位的劳动关系。
- 医疗诊断证明：说明职工受伤情况。
- 事故现场证明人证言：证实工伤发生的经过。
- 其他可能需要的材料，如事故调查报告、治疗记录等。
等待审核与认定：
- 社保行政部门会对提交的材料进行审核。
- 若认定理由成立，社保行政部门会受理申请，并按正常程序进行工伤认定，包括调查核实等环节。
- 一旦认定属于工伤，职工就能享受相应的工伤保险待遇。
三、注意事项
- 及时沟通：与社保行政部门保持密切沟通，了解申请进度和可能需要的补充材料。
- 保留证据：确保所有与工伤相关的证据和材料都得到妥善保存，以备不时之需。
- 法律咨询：如有必要，可寻求专业法律咨询，以确保自身权益得到充分保护。
四、职工及相关方申请规定
若用人单位未及时申请工伤认定，受伤害职工本人、其近亲属或者工会组织可在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。这一规定为职工提供了额外的保障，确保他们在用人单位未及时申请时也能维护自身的合法权益。
综上所述，当单位申请工伤的医院材料超过30天提交时，应按照特殊申请流程进行操作，并准备充分的证明材料以支持申请。同时，职工也应了解自身的权益和申请途径，以确保在需要时能够得到及时的工伤认定和相应的待遇。