如果在劳动仲裁程序中，被申请人公司注销了，处理方式会因公司注销的具体情况而有所不同。以下是根据不同情形给出的详细解答：
公司未清算即注销：
- 若公司未经过合法清算程序就办理了注销登记，且这一行为损害了劳动者的权益，劳动者可以将公司的清算主体（如有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东等）列为被申请人，申请劳动仲裁。清算主体需在其过错范围内对劳动者承担责任。
- 劳动者需要准备公司注销的相关证据，如注销登记证明，以及能证明劳动关系及权益受损的证据，如劳动合同、工资条、工作证等。
公司经合法清算后注销：
- 如果公司已经经过合法清算程序并办理了注销登记，通常劳动争议案件会终止审理。
- 但如果劳动者能证明公司注销存在恶意逃避债务等违法情况，仍然可以向法院起诉，要求相关责任主体承担责任。
公司正在清算程序中：
- 如果公司正处于清算程序中，劳动者可以向用人单位所在地的市场监督管理局提出异议，以延后或者中止公司的注销。
- 同时，劳动者仍然可以将公司列为被申请人提起劳动仲裁，此时清算组可以代表公司参加诉讼和仲裁活动。
公司注销后权益保障：
- 如果公司注销前未依法进行清算，劳动者可以将公司股东、发起人或出资人列为被申请人，要求他们承担清偿责任。
- 若公司注销前有经过合法清算程序，且将公司财产分配给了股东，劳动者可以要求股东在接受公司财产范围内承担责任。
- 劳动者胜诉后，若公司已经注销，仍然可以向人民法院申请变更、追加有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东为被执行人，由他们来承担赔偿责任。
综上所述，劳动仲裁程序中公司注销并不意味着劳动者的权益就无法维护。劳动者应根据公司注销的具体情况，采取相应的法律行动来维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。