当劳动仲裁的被申请人（公司）注销了，劳动者仍然可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
确认公司注销的合法性及清算程序
- 首先，劳动者需要确认公司是否依法进行了清算程序，特别是是否通知了作为债权人的自己。如果公司未经依法清算即办理注销登记，或者清算程序存在瑕疵（如未通知劳动者参与清算），劳动者有权向清算组成员或相关责任人主张权利。
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司在清算时应依法通知债权人并公告。若未履行该程序导致债权人未及时申报债权，清算组成员需承担赔偿责任。
确定责任主体
- 清算组成员：如果清算组未按法定程序通知债权人，劳动者可以要求清算组成员承担赔偿责任。
- 股东或出资人：若公司未经依法清算即注销，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人，可能需要对公司债务承担清偿责任。劳动者可以将他们列为被申请人或被告，要求其承担公司在劳动纠纷中的相应责任。
- 承继权利义务的主体：在公司合并、分立等情况下，由承继其权利和义务的新公司或其他主体作为责任承担者。
采取法律措施
- 变更或增加被申请人：在劳动仲裁过程中，如果公司注销，劳动者可以向劳动仲裁委提交书面申请，说明公司注销情况，并申请将责任主体变更为确定的股东、出资人等。同时，提供公司注销证明、股东信息等相关证据材料以供核实。
- 向法院起诉：如果劳动仲裁委因被申请人主体不存在而不予受理案件，或者劳动者对仲裁结果不满意，劳动者有权在规定时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼中，围绕责任主体的认定和自身权益进行举证和辩论。
- 申请强制执行：若相关责任人未履行仲裁裁决或法院判决，劳动者可向人民法院申请强制执行，并提供必要证据。在诉讼中，劳动者还可以申请财产保全，冻结责任主体的财产，防止其转移资产。
寻求行政救济
- 劳动者也可以向工商行政管理部门反映公司违法注销的情况。工商部门有权对违法注销行为进行调查和处理，并可能责令恢复公司登记，从而为劳动者提供一个更明确的责任主体。
示例说明：
假设某公司拖欠员工工资后未经合法清算即注销，员工可以采取以下行动：
- 查询工商档案，确认清算组未通知债权人；
- 以清算组成员和股东为被告提起诉讼，提交工资欠条、劳动合同等证据；
- 申请财产保全，冻结股东名下银行账户；
- 若胜诉后仍未获赔偿，申请强制执行。
注意事项：
- 劳动者在遇到公司注销的情况时，应首先保持冷静，及时收集与公司注销相关的证据材料。
- 在整个维权过程中，劳动者应保持与相关部门和机构的沟通，确保自己的诉求得到妥善处理。
- 劳动争议仲裁时效为一年，需在法定期限内主张权利；诉讼时效一般为三年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
综上所述，劳动仲裁的被申请人注销并不意味着劳动者的权益无法得到保障。劳动者应根据具体情况采取不同的措施来维护自己的合法权益，并在必要时直接向我咨询以获取更专业的法律帮助。