公司要毕业证原件是不合法的。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这是为了保护劳动者的合法权益，避免用人单位通过扣押证件等方式对劳动者进行不正当的控制或限制。

因此，如果公司在入职时要求你提供毕业证原件，并意图扣押，你可以果断拒绝，并有权向劳动监察部门举报这种违法行为。同时，如果你需要提供毕业证作为学历证明，建议仅提供复印件或影印件，并在合适位置注明具体用途，以确保你的证件不被滥用。

总的来说，保护自己的合法权益是非常重要的，对于任何侵犯自己权益的行为，都应该勇敢地说“不”，并通过合法途径进行维权。