结论：社保个人部分由公司承担一般不合法，但在特定情形下可能存在例外。
- 通常情况下不合法
根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保费用由用人单位和劳动者共同承担，其中个人部分应由劳动者本人承担，用人单位代扣代缴。若公司直接承担个人应缴部分，可能涉及以下法律风险：
- 违反代扣代缴义务：公司未按法律规定从劳动者工资中扣除个人应缴部分，可能被社保部门责令整改，甚至面临行政处罚。
- 影响劳动者权益：个人部分未实际缴纳可能导致劳动者社保权益受损（如养老金、医保账户余额减少），未来可能引发纠纷。
- 税务风险：若公司通过额外发放工资或补贴形式承担个人部分，可能被认定为“变相提高工资”，需按全额缴纳个人所得税，增加公司负担。
- 例外情形：双方自愿且合法约定
若公司与劳动者通过书面协议明确约定，公司自愿承担个人应缴部分，且该约定不违反法律强制性规定（如不损害国家、第三方利益），可能被认定为有效。但需注意：
- 协议内容合法：约定不得以逃避社保缴费义务为目的（如通过“分拆工资”降低公司缴费基数）。
- 税务合规：公司承担的个人部分需并入劳动者工资总额，依法缴纳个人所得税，否则可能被税务机关追缴税款及滞纳金。
- 社保缴费基数不变：公司仍需按劳动者实际工资总额申报社保缴费基数，不得因承担个人部分而降低基数，否则可能面临社保稽查风险。
建议：
- 对公司而言，应严格按法律规定代扣代缴社保个人部分，避免法律风险；若想提供额外福利，可通过提高工资、发放补贴（需纳税）等合法方式实现。
- 对劳动者而言，若公司提出承担个人部分，需谨慎审查协议内容，确保不损害自身社保权益，并要求公司依法纳税。
如有具体案例或协议条款需分析，可直接向我咨询。