营运车辆的停运损失，主要由事故责任方承担，具体责任分配需依据交强险、商业三者险的保险条款以及相关法律规定来确定。以下是对该问题的详细分析：

1. 保险公司赔偿情形

   • 交强险：

     • 根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，合理的停运损失可被视为财产损失的一部分。尽管交强险条款通常将间接损失列为除外责任，但司法实践中，部分法院认为合理的停运损失属于交强险财产损失赔偿范围。交强险有责任财产损失赔偿限额为2000元，无责任财产损失赔偿限额为100元，符合规定的停运损失在此限额内可获得赔偿。

   • 商业三者险：

     • 商业三者险合同条款常明确约定停运损失等间接损失为免赔范围。若保险公司已就免责条款向投保人履行提示和明确说明义务，则不承担停运损失的赔偿责任。但若保险公司未能证明其已履行该义务，则免责条款无效，保险公司需在商业三者险责任限额内赔偿停运损失。

2. 侵权人赔偿情形

   • 当保险公司依据保险合同条款对停运损失免责时，侵权人作为直接责任方，应对营运车辆的合理停运损失承担赔偿责任。
   • 若停运损失超出交强险和商业三者险的赔偿限额，超出部分由侵权人承担。
   • 若交通事故双方均有责任，则停运损失应按各自的责任比例分担。例如，若双方各负50%责任，则各自承担50%的停运损失。

3. 特殊情形

   • 雇员侵权：若侵权人在执行工作任务过程中发生交通事故导致营运车辆受损并产生停运损失，根据《中华人民共和国民法典》规定，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担后，可向有故意或重大过失的工作人员追偿。
   • 挂靠经营：以挂靠形式从事道路运输经营的机动车发生交通事故造成损害且属于该机动车一方责任的，挂靠人和被挂靠人应承担连带责任，共同赔偿营运车辆的停运损失。

总结与建议：

在处理营运车辆停运损失赔偿问题时，建议首先查看事故责任认定书，明确事故责任方。然后，根据交强险和商业三者险的保险条款，确定保险公司是否应承担赔偿责任。若保险公司免赔或赔偿不足，再向侵权人主张赔偿。在特殊情形下，如雇员侵权或挂靠经营，还需考虑用人单位或被挂靠人的连带责任。

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