在刑事案件中，当案件经历两次退侦后，其后续处理流程需依据相关法律法规和程序进行，以确保案件的公正、合法和有效处理。以下是对此问题的详细解答：
一、法律框架与程序规范
首先，我们要明确的是，根据《刑事诉讼法》的相关规定，补充侦查以二次为限。这意味着，若案件已经历两次退侦，检察机关原则上不得再行退侦。此时，案件的处理需遵循其他法定途径。
二、检察机关的应对方案
存疑不起诉决定：
- 适用情形：若经两次退侦后，案件仍事实不清、证据不足，检察机关可以作出存疑不起诉决定。
- 法律后果：此决定将终止诉讼程序，若被羁押人存在，则应予以释放。
- 救济途径：被害人若对存疑不起诉决定不服，可在7日内向上一级检察院申诉。
依法提起公诉：
- 适用情形：若现有证据已达到“事实清楚，证据确实充分”的标准，检察机关应依法提起公诉。
- 特别说明：即使存在部分瑕疵证据，只要不影响定罪量刑的核心事实，检察机关仍可提起公诉。
建议撤案监督：
- 适用情形：若检察机关发现公安机关在侦查过程中存在违法取证等严重问题，可以向公安机关发出纠正违法通知书，并建议撤案。
- 处理方式：必要时，检察机关还可以启动立案监督程序，确保侦查活动的合法性和规范性。
三、若发现新犯罪的处理流程
若在两次退侦后，发现新的犯罪事实，公安机关应按照以下流程处理：
分析退侦原因与调整策略：
- 深入分析检察机关两次退侦的具体原因，如证据不足、事实不清或侦查方向偏差等。
- 针对这些原因，调整侦查策略，加强证据收集，或重新确定侦查方向。
对新犯罪的侦查与立案：
- 若发现新的犯罪事实，公安机关应立即按照《公安机关办理刑事案件程序规定》进行立案侦查。
- 遵循正常的侦查程序，包括取证、调查、讯问等，确保证据的全面、客观和合法。
并案处理与证据整合：
- 若新发现的犯罪与原有案件存在关联，公安机关应考虑并案处理，以便更全面地查明案件事实。
- 将原犯罪事实和新发现的犯罪事实的证据进行整合，形成完整的证据链。
与检察机关的沟通与协作：
- 在整个侦查过程中，公安机关应与检察机关保持密切沟通，及时汇报侦查进展和新发现的情况。
- 检察机关可对公安机关的侦查工作提供指导和建议，确保侦查工作的合法性、规范性和有效性。
移送审查起诉与后续处理：
- 侦查终结后，公安机关应制作完整的起诉意见书，详细写明犯罪嫌疑人所涉及的全部犯罪事实、证据及适用的法律条款，一并移送人民检察院审查起诉。
- 人民检察院将对移送的案件进行全面审查，根据证据情况和法律规定，决定是否提起公诉。若认为证据仍存在问题，可要求公安机关进一步补充侦查，但鉴于已两次退侦，再次退侦将更为谨慎。
四、辩护权的保障
在处理两次退侦后的案件时，犯罪嫌疑人及其辩护人的权利也应得到充分保障。他们有权申请非法证据排除、参与补充侦查监督、协商认罪认罚从宽等，以确保其合法权益不受侵犯。
综上所述，两次退侦后的刑事案件处理需遵循严格的法律框架和程序规范。检察机关和公安机关应密切协作，确保案件的公正、合法和有效处理。同时，犯罪嫌疑人及其辩护人的权利也应得到充分保障，以维护司法的权威性和公信力。