在刑事案件中，当案件经历两次退侦（即补充侦查）后到达审查起诉阶段，其后续处理主要取决于证据的充分性和法律的适用情况。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据与程序规范
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条的规定，人民检察院在审查案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查或自行侦查，且补充侦查以二次为限。这一条款明确了补充侦查的次数限制及时间要求，是处理此类案件的基本法律依据。
二、审查起诉阶段两次退侦后的处理
证据不足不起诉：
- 若案件经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。
- 不起诉决定意味着案件不会进入审判程序，被告人将不会被追究刑事责任。
- 若被不起诉人在押，应立即释放。
依法提起公诉：
- 若经过两次补充侦查后，现有证据已达到“事实清楚，证据确实充分”的标准，即使存在部分瑕疵证据，只要不影响定罪量刑核心事实，人民检察院仍可依法提起公诉。
- 提起公诉后，案件将进入审判阶段，由法院进行审理并作出判决。
三、特殊情况与应对方案
存疑不起诉的救济途径：
- 若人民检察院作出存疑不起诉决定，被害人可在7日内向上一级人民检察院申诉，寻求进一步的法律救济。
建议撤案监督：
- 若在审查过程中发现公安机关存在违法取证等严重问题，人民检察院可以向公安机关发出纠正违法通知书，必要时启动立案监督程序，确保案件的合法性和公正性。
四、法院的协同处置与辩护权保障
法院的协同处置：
- 在案件进入审判阶段前，法院会对检察机关移送起诉的案件进行实质性审查。若发现证据存在重大缺陷，法院可建议检察机关撤回起诉。
- 在庭审过程中，法院会通过法庭调查、举证质证等环节验证证据的合法性、关联性，对非法证据依法排除，对瑕疵证据要求补正说明。
辩护权的保障：
- 被告人及其辩护人有权申请非法证据排除，并在开庭前五日提出书面申请，提供涉嫌非法取证的线索或材料。
- 辩护人可以参与补充侦查监督，通过阅卷了解退侦事项及进展，并就侦查方向、取证方式提出法律意见。
- 在证据体系相对完整的情况下，被告人及其辩护人可以与检察机关就量刑建议进行协商谈判，争取更轻的刑罚。
五、总结与建议
刑事案件在经历两次退侦后，其处理结果主要取决于证据的充分性和法律的适用情况。对于当事人而言，了解这一法律流程及其可能产生的后果至关重要。在面对类似情况时，建议及时寻求专业律师的法律援助，以确保自身权益得到妥善维护。律师可以提供专业的法律意见，帮助当事人理解案件进展，制定合适的辩护策略，并在必要时代表当事人与检察机关或法院进行沟通协商。