“两班倒12小时”工作制的合法性需根据具体情况综合判断，主要涉及工作时间、休息休假、加班工资支付及审批程序等多个方面。以下从不同角度为您详细分析：

合法情形

1. 综合计算工时工作制下：

   • 若企业经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制，且在一个综合计算周期内（如月、季度等）确保劳动者的总工作时间未超过法定标准（如月工作时间不超过176小时，即每日8小时×22天），并且合理安排了补休，那么“两班倒12小时”工作制在工作时间方面是合法的。
   • 举例：某企业实行以月为周期的综合计算工时工作制，某月劳动者工作了20天，每天12小时，总工作时间为240小时。但企业安排了劳动者在后续月份内补休了64小时（240小时-176小时=64小时），则该月的工作时间安排是合法的。

2. 不定时工作制下：

   • 对于某些特殊行业或岗位，如销售、外勤等，企业可能经劳动行政部门批准实行不定时工作制。在此制度下，无固定上下班时间限制，因此“两班倒12小时”不能直接认定违法。
   • 但需注意：企业仍需确保职工的休息休假权利得到保障，如保证劳动者每周至少休息一日。

3. 加班工资支付合规：

   • 若劳动者的工作时间超过了法定标准，企业必须按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付加班工资。具体为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%；法定休假日工作的支付不低于工资的300%。
   • 举例：劳动者在休息日工作了12小时，且企业未安排补休，则企业应支付劳动者不低于工资200%的加班工资。

不合法情形

1. 工作时间严重超时且无补休和加班工资：

   • 如果企业长期实行“两班倒12小时”工作制，导致劳动者的工作时间远远超过法定标准，且未安排补休或支付加班工资，这种情况是违法的。
   • 举例：劳动者每月工作30天，每天12小时，总工作时间为360小时，远超月法定工作时间176小时，且企业未支付加班工资或安排补休，则构成违法。

2. 未保障劳动者休息权利：

   • 《劳动法》规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若企业未遵守这一规定，也是不合法的。
   • 举例：企业安排劳动者连续工作两周，每天12小时，且未安排任何休息日，则构成违法。

3. 违反加班时长限制：

   • 即使因生产经营需要延长工作时间，也必须遵守每日不得超过三小时、特殊原因下不得超过六小时，以及每月累计加班时长不得超过三十六小时的规定。
   • 举例：劳动者每月加班时长累计超过36小时，则企业构成违法。

建议与指导

• 对于企业：在实行“两班倒12小时”工作制前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，并确保获得必要的审批。同时，应合理安排劳动者的工作时间和休息休假，确保加班工资支付合规。
• 对于劳动者：应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。如有疑问或发现权益受损，如工作时间超时、未支付加班工资等，应及时采取措施维护自身合法权益，比如向企业提出异议、向当地劳动监察部门投诉等。

综上所述，“两班倒12小时”工作制的合法性取决于多个因素的综合考量。企业和劳动者都应严格遵守劳动法的规定，确保工作制度的合法性和劳动者的权益保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。