在刑事诉讼过程中，当案件经历两次退侦后，其后续处理流程是一个严谨且多环节的过程，旨在确保案件处理的公正性、合法性和准确性。以下是对这一问题的详细解答：
一、退侦的法律依据与目的
首先，我们需要明确退侦的法律依据。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院在审查公安机关或监察机关移送起诉的案件时，若发现案件存在事实不清、证据不足或其他需要补充侦查的情形，有权将案件退回原侦查机关进行补充调查或侦查。这一程序的目的在于确保案件事实清楚、证据确实充分，从而保障司法公正，防止冤假错案的发生。
二、两次退侦后的常见处理情形
经过两次补充侦查后，人民检察院将根据案件的具体情况，依法作出以下处理决定：
提起公诉：
- 适用情形：若公安机关在两次补充侦查中补充了足够的证据，使得案件达到事实清楚、证据确实充分的标准，人民检察院将依法提起公诉，将案件移送至人民法院进行审判。
- 特别说明：即使存在部分瑕疵证据，只要这些瑕疵不影响定罪量刑的核心事实，人民检察院仍可提起公诉。
不起诉决定：
- 适用情形：若两次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，将依法作出不起诉的决定。
- 法律后果：不起诉决定意味着犯罪嫌疑人将不再被追究刑事责任，案件就此终结。但值得注意的是，不起诉决定并不意味着犯罪嫌疑人就完全没有法律责任。如果未来有新的证据出现或原有证据得到进一步完善，人民检察院仍有可能重新提起公诉。
- 救济途径：被害人可在收到不起诉决定书之日起7日内向上一级人民检察院申诉。
三、检察机关的其他应对方案
除了提起公诉和不起诉决定外，人民检察院在两次退侦后还可能采取以下措施：
建议撤案监督：
- 适用情形：若发现公安机关在侦查过程中存在违法取证等严重问题，人民检察院有权向公安机关发出纠正违法通知书，并建议其撤销案件。必要时，人民检察院还可以启动立案监督程序。
自行侦查：
- 适用情形：在特定情况下，人民检察院认为自行侦查更有利于查明案件事实的，可以决定自行侦查，而不是将案件退回公安机关补充侦查。
四、法院与辩护方的角色
法院的协同处置：
- 庭前审查：法院在接收人民检察院移送的案件后，会进行实质性审查。若发现证据存在重大缺陷，法院可以建议人民检察院撤回起诉。
- 庭审审理：在庭审过程中，法院会通过法庭调查、举证质证等环节来验证证据的合法性、关联性和充分性。对于非法证据，法院将依法排除；对于瑕疵证据，法院会要求补正说明。
辩护权的保障：
- 非法证据排除申请：犯罪嫌疑人或其辩护人有权在开庭前五日提出书面申请，要求排除非法证据，并提供涉嫌非法取证的线索或材料。
- 参与补充侦查监督：辩护方可以通过阅卷了解退侦事项及进展，并就侦查方向、取证方式提出法律意见。
- 协商认罪认罚从宽：在证据体系相对完整的情况下，犯罪嫌疑人或其辩护人可以与人民检察院就量刑建议进行协商谈判，以争取更轻的刑罚。
五、退侦的意义与总结
案子退侦两次不仅体现了刑事诉讼中对证据审查和案件质量的严格要求，还通过补充侦查机制来完善证据体系、查明事实真相。这一程序对于保障司法公正、维护犯罪嫌疑人合法权益以及确保案件质量具有重要意义。经过两次退侦后，人民检察院将根据案件情况依法作出处理决定，无论是提起公诉还是不起诉决定，都体现了法律的公正与严谨。同时，法院和辩护方的积极参与也进一步确保了案件处理的合法性和准确性。