在农业用地上建厂房，一般情况下属于违法建筑行为，但特定条件下经过法定程序审批后建设则是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、通常情况下属于违建
法律依据：
- 根据《土地管理法》及相关法律法规，国家实行土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地，对耕地实行特殊保护，以确保粮食安全和农业可持续发展。农业用地，特别是耕地，主要用于农业生产，未经批准不得擅自改变其用途。
违规后果：
- 未经依法批准，擅自在农业用地上建设厂房，违反了土地用途管制制度。这种违法行为通常会导致以下后果：
- 被相关部门认定为违法建筑；
- 面临限期拆除、恢复土地原状的处罚；
- 可能被处以罚款等行政处罚。
二、特殊情况下的合法性
农用地转用审批：
- 若建设者按照法定程序，向相关部门提出申请，并经过农用地转用审批手续以及其他必要的规划、建设审批，将农业用地合法转变为建设用地，则在此土地上建设厂房不属于违建。
特殊项目需求：
- 因国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目需要，经有批准权的人民政府批准后，可以将农业用地转为建设用地用于建设相关的厂房或设施。这种情况下，建设行为是合法的。
农村地区特殊情况：
- 在农村地区，如果建设的是农村村民住宅、乡镇企业、乡村公共设施和公益事业等，且经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有土地，并按照相关规定办理审批手续后，也可以在符合要求的土地上建设相关建筑。但这也需要严格遵守土地利用总体规划和乡村建设规划。
三、建议与风险提示
咨询当地自然资源部门：
- 在决定是否在农业用地上建设厂房前，务必咨询当地的自然资源部门或相关规划部门，了解具体的政策和审批要求。不同地区的政策可能有所不同，因此这一步骤至关重要。
遵守法律法规：
- 严格遵守土地管理法律法规和城乡规划法律法规，不擅自改变土地用途，确保建设行为的合法性。这是避免法律风险和保障自身权益的基础。
风险防范：
- 对于可能存在的法律风险，如政策变化、审批流程复杂等，应提前进行风险评估和应对准备。例如，可以预留一定的时间和资金用于应对可能的审批延迟或额外费用。
举例说明：
假设某企业计划在农村地区建设一座厂房用于生产。如果该企业未经任何审批手续，直接在农业用地上开工建设，那么这座厂房很可能被认定为违法建筑，面临被拆除和罚款的风险。相反，如果该企业先向当地自然资源部门咨询政策，了解审批流程，并按照法定程序办理了农用地转用审批和建设工程规划许可等手续，那么在这块土地上建设的厂房就是合法的，不受法律制裁。
综上所述，在农业用地上建厂房的合法性取决于是否经过法定程序的审批和是否符合土地利用总体规划。因此，建议建设单位或个人在决策前充分了解相关法律法规和政策要求，确保建设行为的合法性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。