当农民耕地被占用时，这确实是一个需要严肃对待的问题，因为它直接关系到农民的切身利益和农村的土地资源管理。针对这个问题，可以从以下几个方面来详细解答：
一、主要监管部门及职责
自然资源部门（原国土资源部门）：
- 这是处理非法占用农民耕地的核心部门。根据《土地管理法》等相关法律法规，自然资源部门有权对未经批准或采取欺骗手段占用耕地的行为进行调查处理。
- 执法措施包括责令退还土地、限期拆除建筑物并恢复耕种，以及处以罚款。如果构成犯罪，还会移送司法机关追究刑事责任。
农业农村部门：
- 在涉及破坏永久基本农田耕作层等农业相关问题时，农业农村部门会与自然资源部门联合执法，共同维护农民的耕地权益。
其他相关部门：
- 如林业部门，如果占用的是林地，且未经林业部门审批，那么林业部门也会介入查处。
- 乡镇政府也承担着协助发现、制止违法行为，并及时上报县级主管部门的职责。
二、维权途径与建议
向自然资源部门举报：
- 农民可以通过拨打12336热线或直接到当地国土所反映问题，这是最直接且有效的维权方式。
申请行政复议或诉讼：
- 如果对政府部门的处理结果不满，或者认为政府部门存在不作为的情况，农民可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
保留证据：
- 在维权过程中，农民需要保留好相关证据，如现场照片、书面材料等，这些证据将为后续的维权提供有力支持。
三、具体处理流程
向村委会反映：
- 首先，农民可以向村委会反映耕地被占用的情况，请求村委会介入调解。村委会作为基层群众性自治组织，对本村土地情况有深入了解，可以协调双方解决纠纷。
向乡镇政府（街道办）申请处理：
- 如果村委会调解不成，农民可以向乡镇政府（街道办）提出申请，由其依法调查处理。乡镇政府有权对本行政区域内的农村土地承包经营纠纷进行调解和处理。
向县级以上人民政府自然资源主管部门举报：
- 对于严重的耕地侵占行为，农民可以直接向县级以上人民政府自然资源主管部门举报。这些部门将依法查处违法侵占土地的行为，并作出相应的行政处罚。
四、法律依据与处罚标准
- 根据《土地管理法》和《刑法》的相关规定，非法占用农用地是违法行为，情节严重的将处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。
- 处罚梯度根据违法情节的轻重而定，轻微违法可能只是责令改正和罚款；严重违法则可能面临没收违法所得、强制拆除等处罚；如果构成刑事犯罪，将依法追究刑责。
五、典型案例与启示
- 例如，某企业未经审批占用5亩耕地建厂房，最终被自然资源部门立案查处，拆除建筑物并罚款10万元。这个案例告诉我们，无论单位或个人，非法占用耕地均会被严肃追责。
综上所述，当农民耕地被占用时，可以通过向村委会、乡镇政府、县级以上人民政府自然资源主管部门等途径寻求帮助和解决。同时，保留好相关证据并咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持也是非常重要的。希望这些解答能够帮助您有效维护自己的合法权益。