关于迟到扣工资的问题，结论前置如下：
迟到扣工资的合法性需分情况讨论：
- 若公司规章制度合法且已告知员工：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。若公司规章制度中明确规定了迟到扣工资的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，同时公司已将该规章制度告知员工，那么迟到扣工资在一定程度上是合法的。但需注意，扣除的金额应合理，且不能低于最低工资标准。
- 若公司规章制度不合法或未告知员工：如果公司规章制度中的迟到扣工资条款违反了法律法规的强制性规定，或者公司未将该规章制度告知员工，那么该条款对员工不具有约束力。此时，公司因员工迟到而扣工资的行为可能构成违法。
迟到扣工资的具体操作需合规：
- 扣除金额需合理：即使公司规章制度合法且已告知员工，扣除的金额也应合理。一般来说，扣除的金额应与员工迟到的实际损失相当，且不能超过法律法规规定的上限（即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准）。
- 需保留相关证据：公司在扣除员工工资时，应保留相关证据，如员工迟到的记录、公司规章制度等，以证明扣除工资的合法性和合理性。
员工对迟到扣工资有异议时的处理方式：
- 与公司协商：如果员工对迟到扣工资有异议，首先可以尝试与公司进行协商，了解扣除工资的具体原因和依据，并尝试达成和解。
- 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的工资。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如工资条、考勤记录等，以证明自己的主张。
- 提起诉讼：如果劳动仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿。
举例说明：
假设某员工月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。若该员工因迟到被公司扣除工资1000元，那么扣除后的工资为4000元，高于最低工资标准，且扣除的金额未超过当月工资的20%（即1000元未超过5000元的20%），因此该扣除行为在一定程度上是合法的。但如果公司扣除的金额超过1000元，或者扣除后的工资低于最低工资标准，那么该扣除行为就可能构成违法。
法律建议：
作为员工，在面对迟到扣工资的问题时，应首先了解公司的规章制度和相关法律法规，确保自己的权益不受侵害。如果公司扣除工资的行为违法或不合理，员工应积极与公司协商或寻求法律援助。作为公司，在制定规章制度时，应确保条款的合法性和合理性，并在扣除员工工资时保留相关证据，以避免不必要的法律纠纷。
可能的法律后果：
如果公司因员工迟到而违法扣除工资，员工有权要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿。同时，公司还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款等。因此，公司在处理迟到扣工资的问题时，应谨慎行事，确保合规操作。