针对您提出的问题“不签灵活就业证明不给毕业证”，这确实是一个涉及学生权益和学校管理规定的敏感问题。以下是对这一问题的详细解答：
首先，需要明确的是，学校将毕业证与就业协议或灵活就业证明挂钩的做法是不合理的，也是不符合教育规定的。毕业证是学生在完成学业后应获得的学历证明，它应该与学生的学业成绩和毕业要求直接相关，而不应与就业情况挂钩。
对于您所提到的学校因未交就业协议书而不给发毕业证和档案的情况，这很可能是学校为了提高就业率而采取的一种不当手段。这种做法不仅损害了学生的合法权益，也违背了教育的初衷和使命。
针对这种情况，您可以采取以下措施来维护自己的权益：
与学校沟通：首先尝试与学校相关部门或领导进行沟通，表达您的困惑和不满，并明确指出这种做法的不合理性。尝试寻求学校的理解和支持，看是否能够以其他方式证明您的毕业资格，如学业成绩、课程完成情况等。
咨询教育部门：如果与学校沟通无果，您可以向当地教育部门或相关机构咨询并反映问题。他们可以提供更具体的指导和帮助，确保您的权益得到保障。
寻求法律援助：如果学校坚持不合理的做法，您可以考虑寻求法律援助或咨询律师。他们可以帮助您评估情况，并提供适当的法律建议和支持。
此外，对于灵活就业证明的问题，它通常是为了统计毕业生的就业情况而设置的。然而，这并不应该成为学校发放毕业证的必要条件。如果您选择了灵活就业或暂时未就业，您仍然有权获得毕业证。学校应该根据您的学业成绩和毕业要求来发放毕业证，而不是根据您的就业情况。
总之，学校不应该将毕业证与就业协议或灵活就业证明挂钩。您应该根据自己的学业成绩和毕业要求来获得毕业证，并有权选择自己的就业方式。如果遇到不合理的情况，请积极采取措施维护自己的权益。