结论：面对发工资单位和签合同单位不一致的情况，劳动者应首先确认劳动关系，通过沟通了解原因，并要求明确责任义务。在必要时，劳动者应采取法律手段维护自身权益，包括投诉、申请仲裁或诉讼，并确保全程保留好相关证据。
一、可能的原因分析
- 劳务派遣：在劳务派遣关系中，劳动者与劳务派遣公司签订劳动合同，但实际工作地点和工作内容由用工单位安排。此时，工资可能由用工单位直接发放，或者通过劳务派遣公司转发。
- 借调或外派：员工可能被原用人单位借调到其他单位工作，或者因业务需要被外派到子公司、分公司或其他关联企业。在这种情况下，员工的劳动关系仍保留在原用人单位，但工资可能由实际工作的单位发放。
- 代发工资：有些公司为了简化财务流程或出于其他考虑，会委托第三方机构（如人力资源服务公司）代为发放工资。这种情况下，虽然发工资的单位与签订合同的单位不同，但实际上并不改变劳动者与原用人单位之间的劳动关系。
- 违法分包或挂靠：一些不具备合法经营资格的单位或个人可能会借用其他单位的名义进行经营活动，并招聘员工。这种情况下，劳动者可能与被挂靠的单位签订劳动合同，但实际工作和工资发放却由挂靠人或其他单位负责。这种行为是违法的，劳动者的权益可能受到侵害。
二、法律风险与影响
- 劳动关系认定困难：如果发生劳动争议，如拖欠工资、工伤赔偿等，由于合同主体与实际用工主体不一致，可能导致劳动关系认定困难，增加维权难度。
- 社保缴纳问题：如果发工资的单位未为劳动者缴纳社保，而劳动者又无法证明其与该单位存在劳动关系，可能导致社保权益受损。
- 税务风险：对于个人所得税的申报和缴纳，也可能因为工资发放单位与合同签订单位不一致而产生问题。
三、应对措施与建议
核实情况：
- 劳动者应仔细核对劳动合同中的条款，特别是关于工资支付、用工单位等关键信息，以明确自己的劳动关系是与哪个单位建立的。
- 与所在工作部门负责人或人力资源部门进行沟通，询问为何工资发放单位与合同签订单位不一致，了解是否存在合理的安排或解释，如集团内部财务统筹、子公司与母公司业务分工等。
- 检查员工手册、公司内部通知或劳动合同补充协议等，看是否有关于工资发放主体变更的说明。
明确责任与义务：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，劳动关系的建立以实际用工为主要判断标准。劳动者需确认自己实际为哪个单位提供劳动，并接受其管理。
- 通过国家企业信用信息公示系统等渠道，查询签合同单位和发工资单位之间是否存在关联关系。
- 如果了解到相关情况但缺乏书面依据，劳动者有权要求公司提供一份详细阐述工资发放单位与签合同单位不一致原因、各方责任义务及劳动者权益保障措施的书面说明。
采取法律手段维护权益：
- 保存证据：劳动者应妥善保存劳动合同、工资条、工资发放记录（银行流水明细）、工作证、考勤记录等相关证据，以备不时之需。
- 劳动监察投诉：若认为这种不一致损害了自己的合法权益，如工资发放不及时、克扣工资等，可以向当地劳动监察部门投诉，要求其进行调查处理。
- 申请劳动仲裁：若与用人单位就工资、劳动关系等问题产生争议，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供充分证据支持自己的诉求。
- 解除劳动合同与申请补偿：若发薪单位与用工合同签订单位的不一致导致劳动者权益受到严重损害，劳动者可以依法解除劳动合同，并向用人单位申请经济补偿。
- 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，劳动者还可以依法向人民法院提起诉讼，以进一步维护自己的合法权益。
在整个过程中，保留好相关证据是至关重要的。如果劳动者在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。