员工漏打卡公司扣钱是否违法，需根据具体情况及法律规定综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、合法扣款的前提
规章制度的合法性
- 公司规章制度必须经过民主程序制定，即经过职工代表大会或全体职工的讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向全体员工公示或告知。若规章制度未经民主程序或未公示，则对员工不具有约束力，公司依据此制度扣款违法。
- 举例：若公司未召开职工代表大会讨论考勤制度，也未向员工公示，仅以内部通知形式告知漏打卡扣款，此制度对员工无效，扣款违法。
扣款金额的合理性
- 扣款金额应与公司因漏打卡行为可能遭受的实际损失相适应，不得明显过高。若扣款导致员工工资低于当地最低工资标准，或扣除比例过高，则可能被视为克扣工资，违反《中华人民共和国劳动法》第五十条“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定。
- 举例：员工月工资5000元，因一次漏打卡被扣1000元，若公司无法证明此次漏打卡造成1000元损失，则扣款不合理，违法。
二、违法扣款的情况
规章制度未经民主程序或未公示
- 如前所述，若公司考勤制度未经民主程序制定或未公示，员工可拒绝扣款，并可向劳动保障行政部门投诉。
扣款金额过高或无正当理由
- 即使公司有合法规章制度，若扣款金额过高或无正当理由（如员工非故意漏打卡且未造成损失），仍可能被视为克扣工资，违法。
- 举例：员工因疏忽漏打卡一次，公司以“严重违反考勤制度”为由扣减当月全部绩效工资，若绩效工资占工资比例过高，且员工实际出勤并提供正常劳动，则扣款违法。
违反劳动法规定
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，员工正常出勤后忘记打卡，若未给单位造成实际损失，公司仅能按规章制度进行违纪处理（如口头警告、书面警告），而不能直接扣减工资。漏打卡扣工资属于变相减少劳动者报酬，侵犯劳动者合法权益。
三、公司应如何处理漏打卡情况
非经济性处罚
- 公司可在规章制度中明确漏打卡的非经济性处理方式，如口头警告、书面警告等，避免直接涉及经济处罚引发法律风险。
加强沟通与教育
- 对经常漏打卡的员工，公司应加强沟通教育，提醒其注意考勤纪律的重要性，并通过培训提升考勤意识。
设置补打卡程序
- 公司可设置补打卡程序，允许员工在合理期限内说明情况并补打考勤记录，减少因漏打卡引发的纠纷。
四、员工如何维护自身权益
保留证据
- 员工应妥善保留与漏打卡相关的证据，如实际出勤记录、工作成果等，以证明自己的出勤情况和工作表现。
申诉与投诉
- 若公司坚持扣减工资且员工认为该扣款行为不合法，可向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：员工漏打卡时公司扣钱的行为是否违法，取决于公司的规章制度是否合法、扣款金额是否合理以及是否符合劳动法的相关规定。公司和员工都应充分了解相关法律法规和规章制度的内容，以确保双方权益得到妥善处理。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。