结论：员工漏打卡扣半天工资是否违法，需根据具体情况判断，若公司规章制度未经民主程序制定、未公示或未告知员工，或扣款导致员工工资低于当地最低工资标准，则属于违法行为；反之，若规章制度合法且扣款合理，则可能不违法。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度合法性角度
规章制度制定程序：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度未经上述民主程序制定，直接规定漏打卡扣半天工资，该规定可能因程序违法而无效。
规章制度公示或告知：
- 规章制度制定后，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若公司未将漏打卡扣工资的规定公示或告知员工，员工有权主张该规定对其不产生约束力。
二、扣款合理性角度
扣款金额限制：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 若公司因员工漏打卡而扣半天工资，导致员工当月工资低于当地最低工资标准，或扣款比例超过当月工资的20%，则属于违法扣款。
扣款与损失相当性：
- 公司扣款应基于员工漏打卡给公司造成的实际损失。若公司无法证明漏打卡导致其遭受了半天工资的损失，或扣款金额明显高于实际损失，则扣款可能被视为不合理。
三、实际操作建议
审查公司规章制度：
- 员工应首先审查公司关于漏打卡扣工资的规定是否经过民主程序制定、是否公示或告知员工。若规定违法或未履行相关程序，员工有权拒绝扣款。
计算扣款合理性：
- 员工可计算公司扣款是否导致其当月工资低于当地最低工资标准，或扣款比例是否超过当月工资的20%。若存在上述情况，员工可向公司提出异议。
协商与投诉：
- 若员工认为公司扣款不合理，可先与公司协商解决。若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
示例：假设某员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。若公司因员工漏打卡而扣半天工资（即250元），则扣款后员工工资为4750元，未低于最低工资标准，且扣款比例未超过当月工资的20%，此时扣款可能合法。但若公司扣款导致员工工资低于2000元，或扣款比例超过1000元（即当月工资的20%），则属于违法扣款。
总结：员工漏打卡扣半天工资是否违法，需综合考虑公司规章制度的合法性、扣款的合理性以及是否违反最低工资标准等因素。员工在面对此类情况时，应仔细审查公司规定，计算扣款合理性，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。