在自己宅基地上建房，后面邻居不让留窗户，这一行为是否合法，需分情况讨论：
若留窗户未侵犯邻居合法权益：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第二百八十八条，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。这意味着，在处理相邻关系时，应兼顾各方利益，但并不意味着一方可以随意限制另一方的合法权利。同时，根据《中华人民共和国民法典》第二百九十三条，建造建筑物，不得违反国家有关工程建设标准，不得妨碍相邻建筑物的通风、采光和日照。
- 实际情况：如果您在自己宅基地上建房并留窗户，且该窗户的设计、位置等均符合相关法律法规，未对邻居的隐私、采光、通风等造成不合理侵害，那么邻居无权阻止您留窗户。
- 建议：在此情况下，您可以与邻居进行友好沟通，解释留窗户的合理性和必要性，并展示相关法律法规以支持您的立场。如果邻居仍然无理阻拦，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
若留窗户可能侵犯邻居合法权益：
- 隐私侵犯：如果窗户直接对着邻居的私密空间，如卧室、浴室等，可能侵犯其隐私权。在此情况下，邻居有权要求您采取措施避免侵犯其隐私，如调整窗户位置、安装遮挡设施等。
- 采光、通风影响：如果窗户的设计或位置导致邻居的采光或通风受到严重影响，且这种影响超出了合理范围，邻居也有权要求您进行调整。
- 建议：在此情况下，您应主动与邻居协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以考虑调整窗户的位置、大小或设计，以减少对邻居的影响。如果协商无果，您可以向当地的村委会、居委会或人民调解委员会申请调解，或者通过法律途径解决纠纷。
额外考虑因素：
- 乡村规划与建筑风格：部分农村地区有统一的乡村建设规划，对房屋的外观、布局等有具体要求。如果留窗户不符合当地规划要求，可能会面临相关部门的处罚或要求整改。因此，在建房前，您应咨询当地政府或相关部门，了解并遵守当地的乡村规划要求。
- 风俗习惯与传统观念：在某些农村地区，受传统风水观念或风俗习惯的影响，人们可能认为房子后面留窗户不吉利或带来不利影响。虽然这些风俗习惯没有法律强制力，但在一些地方仍被广泛遵循。在此情况下，您可以与邻居进行沟通，解释您的立场和理由，并尝试寻求双方都能接受的妥协方案。
总结与建议：
在自己宅基地上建房并留窗户是否合法，取决于是否侵犯了邻居的合法权益以及是否符合相关法律法规和乡村规划要求。如果留窗户未侵犯邻居权益且符合规定，您有权进行；如果可能侵犯邻居权益或不符合规定，您应主动与邻居协商并寻求解决方案。在整个过程中，建议您保持冷静和理性，通过友好协商、申请调解或法律途径等方式合理、合法地解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。