核心结论：多收了客人3元，从法律和商业信誉角度，建议采取以下措施妥善处理。

1. 立即退还多收的款项
   根据《中华人民共和国民法典》第九百八十五条关于“不当得利”的规定，若商家因计算错误、系统故障等原因多收取费用，属于没有法律根据取得的不当利益，受损失的客人有权请求返还。建议第一时间联系客人，通过原支付方式退还3元，或协商其他补偿方式（如赠送小额优惠券），避免因金额小而忽视法律义务。

2. 主动沟通并致歉
   即使金额微小，商家的行为可能影响客人体验和信誉。建议通过短信、电话或当面沟通，诚恳说明情况并致歉，例如：“非常抱歉因我们的疏忽多收了3元，现已为您退还，感谢您的理解。”这既能体现诚信，也能降低客人投诉或负面评价的风险。

3. 内部核查与预防
   若多收费用因系统漏洞、员工操作失误等频繁发生，可能涉及《消费者权益保护法》中“公平交易权”的保护问题。建议商家排查收费流程，修复系统或加强员工培训，避免类似情况重复出现，否则可能面临行政处罚或声誉损失。

4. 特殊情况处理

   • 若客人已离开且无法联系（如现金交易无联系方式），可暂留款项并记录情况，待客人下次消费时主动退还；
     
   • 若客人明确表示无需退还（如出于好意），可记录并留存证据，但建议仍以书面形式确认客人意愿（如短信回复“同意无需退还”），避免后续纠纷。

总结：多收3元虽金额小，但涉及法律义务和商业信誉，及时退还、沟通致歉并完善流程是最佳处理方式。若有其他细节需进一步分析（如客人已投诉、涉及批量多收等），可随时向我咨询。