事业单位发放加班费是否违反规定，需根据事业单位的性质及员工管理方式来判定。以下是对此问题的详细分析：
适用《劳动法》调整的事业单位
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能安排补休、以及法定休假日工作时，需按照一定标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬。
- 加班费支付标准：
- 延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日工作且不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 结论：对于适用《劳动法》调整的事业单位，如果未按照上述标准支付加班费，则构成违法，侵害了劳动者的合法权益。
参照《公务员法》管理的事业单位
- 法律依据：根据《中华人民共和国公务员法》第八十二条，公务员在法定工作日之外加班的，应当优先给予相应的补休。若不能补休，则应按照国家规定给予补助。
- 加班处理：这类事业单位的工作人员加班时，不适用《劳动法》关于加班费的规定，而是依据《公务员法》的相关条款进行管理，即给予补休或补助。
- 结论：对于参照《公务员法》管理的事业单位，不支付加班费并不构成违法，但应给予补休或补助。若单位既不安排补休也不给予补助，则违反了《公务员法》的相关规定。
其他事业单位人员
- 法律依据：这类人员的加班报酬通常按照国家有关政策和单位内部规定执行，需遵循财政纪律和规定。
- 加班报酬：加班报酬的具体标准和支付方式由单位根据国家政策和内部规定确定，但需确保合法合规。
- 结论：对于这类人员，如果单位未按照国家政策和内部规定支付加班报酬，也可能构成违法或违规行为。
法律建议与注意事项：
- 事业单位应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的规定，保护劳动者的合法权益。对于适用《劳动法》的事业单位，应确保加班费的支付符合法定标准；对于参照《公务员法》管理的事业单位，应确保给予补休或补助。
- 劳动者如认为加班费被低估或未支付，有权向用人单位提出申诉或向当地劳动监察部门投诉举报。在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如加班记录、工资单等，以便证明自己的权益受到侵害。
- 事业单位在安排员工加班时，应确保加班经过审批并有明确的加班任务记录，以作为支付加班费的依据。同时，事业单位的薪酬体系和财务管理可能受到财政拨款、编制管理等特殊性的限制，因此在支付加班费时需考虑这些因素，并遵守当地的财务管理规定。
综上所述，事业单位发放加班费是否违反规定，需根据事业单位的性质及员工管理方式来判定。劳动者在遇到相关问题时，应根据自身情况选择合适的法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。