关于农民工工资支付保证金保函是否有一年的时间限制，根据相关规定，确实存在这样的时间要求，并且可能还有更长的有效期规定，具体解释如下：

首先，农民工工资保证金保函的期限至少为一年，这是基本要求。施工总承包单位如果选择使用保函来代替工资保证金，那么这份保函的有效期不仅需要至少为一年，而且还不得短于合同期。这意味着，如果施工合同期超过一年，保函的有效期也需要相应延长，以确保在整个施工期间内，农民工的工资权益都能得到有效保障。

其次，有些地区可能还有更具体的规定。例如，在某些地方，如颍上县，施工总承包单位应在其工程项目施工期内提供有效的保函，且保函有效期至少为1年，并且要超过施工合同期90日以上（含）。这样的规定进一步强化了保函的保障作用，确保在工程项目完工后的一段时间内，如果农民工的工资出现拖欠，保函仍然可以发挥作用。

综上所述，农民工工资支付保证金保函确实存在至少一年的时间限制，并且根据具体地区和合同条款，这个期限可能还会更长。这样的规定旨在保护农民工的合法权益，确保他们能够及时、足额地拿到应得的工资。如果您是施工总承包单位或相关责任人，请务必遵守相关规定，及时办理和更新保函，以确保工程项目的顺利进行和农民工的权益保障。