农民工工资保函的失效时间主要取决于保函本身的约定以及相关法律法规的规定，具体失效情形如下：

1. 保函约定有效期届满：农民工工资保函通常会明确约定一个有效期，例如自开具之日起一年或至工程竣工验收合格之日止等。一旦保函约定的有效期届满，保函即自动失效。因此，农民工或相关方应仔细查看保函条款，了解保函的具体有效期。

2. 保函金额已全部支付：如果保函项下的金额已经全部用于支付农民工工资，且没有剩余金额可供支付，那么保函也将失效。这种情况下，即使保函的有效期尚未届满，但由于保函金额已全部使用，保函的担保功能已经实现，因此保函将提前失效。相关方应及时关注保函金额的使用情况，确保农民工工资得到及时支付。

3. 保函被撤销或解除：在保函有效期内，如果因某种原因（如工程合同解除、保函开具方与受益方协商一致等）需要撤销或解除保函，那么保函将提前失效。撤销或解除保函应遵循相关法律法规和保函条款的规定，确保程序合法合规。

4. 法律法规变化导致保函失效：虽然这种情况较为罕见，但如果相关法律法规发生变化，导致保函的开具、使用或效力等方面不再符合法律要求，那么保函也可能因此失效。相关方应密切关注法律法规的变化，及时调整保函的使用和管理策略。

建议：为了确保农民工工资保函的有效性和合规性，相关方（如农民工、施工单位、保函开具方等）应仔细阅读保函条款，了解保函的具体有效期、金额、支付条件等关键信息。同时，在保函有效期内，应密切关注保函金额的使用情况和法律法规的变化，确保保函能够及时、有效地发挥担保作用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。