结论：公司扣考勤工资是否合法，需视具体情况而定。若公司扣考勤工资有合法依据且程序正当，则是合法的；反之，则可能违法。面对公司扣考勤工资的情况，员工应首先了解公司规章制度，与公司沟通协商，必要时可寻求法律帮助。
分析说明：
合法依据与程序正当性：
- 合法依据：公司扣考勤工资必须有明确的合法依据，这通常体现在公司的规章制度或劳动合同中。规章制度或劳动合同中应明确规定考勤与工资挂钩的具体条款，如迟到、早退、旷工等行为的扣款标准。
- 程序正当性：公司在扣考勤工资时，必须遵循正当的程序。这包括事先告知员工相关规章制度，确保员工知晓并同意；在扣款时，应提供详细的考勤记录和扣款明细，以便员工核对和确认。
违法情形：
- 无合法依据：如果公司扣考勤工资没有明确的合法依据，或者规章制度未经员工同意或未公示，那么这种扣款行为可能是违法的。
- 程序不正当：即使公司有合法的扣款依据，但如果扣款程序不正当，如未提供考勤记录、扣款明细不清晰等，也可能构成违法。
应对措施：
了解公司规章制度：
- 员工应首先仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于考勤与工资挂钩的具体条款。
与公司沟通协商：
- 如果员工认为公司扣考勤工资的行为存在疑问或不合理之处，可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，要求公司提供详细的考勤记录和扣款明细，并解释扣款的依据和程序。
寻求法律帮助：
- 如果沟通协商无果，员工可以寻求法律帮助。可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼，以维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 公司规章制度违法：如果公司的规章制度本身违反了法律法规的规定，如扣款标准过高、扣款程序不合法等，那么员工有权拒绝接受这种扣款，并可以向相关部门投诉或寻求法律帮助。
行动建议：
- 保留证据：员工应保留好与公司沟通协商的记录、考勤记录、工资条等相关证据，以便在需要时提供证明。
- 及时咨询：如果员工对公司扣考勤工资的行为存在疑问或不确定如何处理，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和建议。