非法出版物的认定主要由新闻出版行政部门、公安部门以及文化市场综合执法机构等多个部门依据各自职责共同进行，其中新闻出版行政部门在行政认定方面起主导作用。以下是对这一问题的详细分析：
一、新闻出版行政部门的主导作用
主要认定机关：
- 新闻出版署或省级新闻出版局是非法出版物认定的主要行政机关。它们负责接收出版单位或其他有关单位、个人的认定请求，并对提交的出版物样本及相关证据材料进行审查。
认定程序：
- 盗用中央级出版单位名义出版的出版物，由新闻出版署认定并通令取缔；盗用地方出版单位名义出版的出版物，则由出版单位所在的省级新闻出版局认定并通令取缔。
- 其他非法出版物，一经发现，也由当地省级新闻出版局认定并处理。
- 在请求认定时，必须提交出版物样本作为认定依据。若涉及盗用出版单位名义或盗印、盗制合法出版物的情况，还需同时提交非法的和合法的两种版本样本。
取缔通知：
- 新闻出版行政管理部门在下发取缔通知时，应具体列述非法出版物的特征及与其相应的合法出版物的区别，以助识别。
二、公安部门的刑事认定权
刑事案件中的认定：
- 在办理涉及出版物的刑事案件中，公安部门有权对涉嫌构成犯罪的非法出版物进行性质认定。
- 特别当非法出版物与其他刑事犯罪（如传播淫秽物品、宣扬恐怖主义等）相关联时，公安部门将依法进行查处，并认定其非法性质。
配合行政认定：
- 公安部门在刑事侦查过程中，若发现非法出版物，也会及时与新闻出版行政部门沟通，配合进行行政认定。
三、文化市场综合执法机构的日常监管
日常检查与认定：
- 文化市场综合执法机构负责文化市场中非法出版物的日常检查、认定和查处工作。
- 它们通过日常巡查、专项行动等方式，对书店、音像店、展销会等场所销售的出版物进行检查甄别，确保市场中的出版物合法合规。
与行政部门的协作：
- 文化市场综合执法机构在发现涉嫌非法出版物时，会及时与新闻出版行政部门联系，提交相关证据材料，请求进行行政认定。
四、认定过程中的注意事项
公正客观：
- 鉴定过程应确保公正、客观和科学，避免任何形式的偏见或不当影响。各相关部门应严格依法行事，确保每一步都符合法律法规的要求。
当事人权利：
- 当事人对鉴定结论有异议的，有权申请重新鉴定，或按照法定程序提出申诉。这是保障当事人合法权益的重要措施。
综合判断：
- 非法出版物的认定需要综合考虑多个方面，包括内容合法性、出版单位合法性、出版活动合法性以及具体的识别方法等。只有全面、细致地审查和分析，才能准确判断出版物的合法性。
总结与建议：
非法出版物的认定是一个多部门协同工作的过程，涉及新闻出版行政部门、公安部门以及文化市场综合执法机构等多个部门。在实际操作中，各相关部门应密切配合，严格按照法律法规的要求进行认定和处理。如果您或您身边的人遇到了非法出版物相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。