非法出版物的认定主体主要包括新闻出版行政部门、公安部门以及文化市场综合执法机构等多个部门，它们依据各自职责共同进行认定工作。以下是对这一问题的详细解析：
新闻出版行政部门的主导作用
- 新闻出版行政部门是非法出版物认定的主要行政机关，特别是新闻出版署或省级新闻出版局，在行政认定方面起着主导作用。它们负责接收出版单位或其他有关单位、个人的认定请求，并依据相关法律法规和标准，对出版物的内容、版权等方面进行全面审查，以确定其是否属于非法出版物。
- 例如，盗用中央级出版单位名义出版的出版物，由新闻出版署认定并通令取缔；盗用地方出版单位名义出版的出版物，则由出版单位所在的省级新闻出版局认定并通令取缔。
公安部门的刑事认定权
- 在办理涉及出版物的刑事案件中，公安部门有权对涉嫌构成犯罪的非法出版物进行性质认定。这通常发生在非法出版物与其他刑事犯罪（如传播淫秽物品、宣扬恐怖主义等）相关联时，公安部门将依法进行查处，并认定出版物的非法性质。
- 公安部门的认定通常基于刑事侦查的需要，其认定结果将作为刑事案件处理的重要依据。
文化市场综合执法机构的日常监管
- 文化市场综合执法机构负责文化市场中非法出版物的日常检查、认定和查处工作。它们通过日常巡查、专项行动等方式，对书店、音像店、展销会等场所销售的出版物进行检查甄别，确保市场中的出版物合法合规。
- 文化市场综合执法机构在发现涉嫌非法出版物时，会进行初步审查，并视情况将出版物送交新闻出版行政部门或指定鉴定机构进行进一步认定。
认定程序与注意事项：
- 在请求出版行政管理部门认定非法出版物时，必须提交该出版物的样本作为认定依据。若涉及盗用出版单位名义或盗印、盗制合法出版物的情况，还需同时提交非法的和合法的两种版本样本。
- 鉴定过程应确保公正、客观和科学，避免任何形式的偏见或不当影响。鉴定机构应由具备专业人员、技术和知识储备的指定机构担任，并出具详细的鉴定书。
- 当事人对鉴定结论有异议的，有权申请重新鉴定或按照法定程序提出申诉。这确保了认定过程的公正性和透明性。
法律依据：
- 非法出版物的认定与处理主要依据《出版管理条例》的相关规定。该条例明确了非法出版物的定义、认定程序以及处罚标准等，为认定工作提供了明确的法律依据。
- 同时，《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国著作权法》等相关法律法规也为非法出版物的认定提供了补充和支持，确保了认定工作的全面性和准确性。
综上所述，非法出版物的认定是一个多部门协同工作的过程，涉及新闻出版行政部门、公安部门以及文化市场综合执法机构等多个部门。它们依据各自职责共同进行认定工作，确保了非法出版物能够得到及时有效的认定和处理。如果您在非法出版物认定方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。