非法经营非法出版物一般由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）管辖。以下从不同角度为您详细分析：
一、管辖部门
非法经营罪，特别是涉及非法出版物的经营，属于典型的经济犯罪。根据公安机关的职能划分，经济犯罪侦查部门（经侦部门）专门负责侦查经济犯罪案件，因此，非法经营非法出版物的案件通常由经侦部门管辖。
二、管辖原则
犯罪地管辖原则：刑事案件通常由犯罪地的公安机关管辖。这意味着，如果非法出版物的经营行为发生在某个地区，那么该地区的公安机关经侦部门就有权对该案件进行管辖。
居住地管辖原则：若由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的，也可由其居住地公安机关管辖。这一原则考虑了犯罪嫌疑人居住地与案件之间的关联性，以及便于调查取证和执行判决等因素。
三、立案与侦查流程
报案与审查：当有人报案称存在非法经营非法出版物的行为时，经侦部门会首先对案件线索进行审查。这包括核实报案内容的真实性、评估案件的严重程度以及确定是否属于自己管辖的范围。
立案决定：如果经侦部门认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且该案件属于自己管辖的，那么经过县级以上公安机关负责人的批准，就会予以立案侦查。立案后，经侦部门将展开全面的调查取证工作，以收集足够的证据来支持起诉。
四、特殊情况与注意事项
行政机关移送：如果行政机关在查处相关案件时发现存在非法经营非法出版物的行为，并且该行为涉嫌犯罪，那么行政机关应当将案件移送公安机关立案侦查。
刑事与行政责任的区分：如果公安机关直接查处的非法经营案件未达到刑事追究标准，那么应当将案件移送相关行政机关，由行政机关追究行为人的行政责任。
立案标准的具体应用：在判断非法经营非法出版物是否达到立案标准时，需要综合考虑非法经营数额、违法所得数额以及非法出版物的数量等因素。例如，个人非法经营数额在5万元以上，或者单位非法经营数额在15万元以上的，就达到了立案标准之一。
建议：如果您或他人发现存在非法经营非法出版物的行为，应及时向当地公安机关经侦部门报案。同时，作为出版物的经营者或相关从业者，应严格遵守国家法律法规，确保经营活动的合法性。如果您在知识产权或专利权领域有具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。