非法出版物的认定主要由新闻出版行政部门、公安部门以及文化市场综合执法机构等多个部门依据各自职责共同进行。以下是对这一问题的详细解答：
新闻出版行政部门的主导作用：
- 新闻出版行政部门，特别是新闻出版署或省级新闻出版局，是非法出版物认定的主要行政机关。它们负责根据出版管理法规，对出版物的内容、出版单位、出版活动等进行全面审查，以判断其是否非法。
- 例如，盗用中央级出版单位名义出版的出版物，由新闻出版署认定并通令取缔；盗用地方出版单位名义出版的出版物，则由出版单位所在的省级新闻出版局认定并通令取缔。
公安部门的刑事认定权：
- 在办理涉及出版物的刑事案件中，公安部门有权对涉嫌构成犯罪的非法出版物进行性质认定。这通常发生在非法出版物与其他刑事犯罪（如传播淫秽物品、宣扬恐怖主义等）相关联时。
- 公安部门会依据相关法律法规，对出版物的内容、传播方式等进行深入调查，以确定其是否构成犯罪，并据此进行查处。
文化市场综合执法机构的日常监管：
- 文化市场综合执法机构负责文化市场中非法出版物的日常检查、认定和查处工作。它们通过日常巡查、专项行动等方式，对书店、音像店、展销会等场所销售的出版物进行检查甄别。
- 一旦发现涉嫌非法的出版物，文化市场综合执法机构会立即进行扣押，并进一步调查其来源和销售情况，以确保市场中的出版物合法合规。
认定程序与注意事项：
- 在请求出版行政管理部门认定非法出版物时，必须提交该出版物的样本作为认定依据。若涉及盗用出版单位名义或盗印、盗制合法出版物的情况，还需同时提交非法的和合法的两种版本样本。
- 新闻出版行政管理部门在下发取缔通知时，应具体列述非法出版物的特征及与其相应的合法出版物的区别，以助识别。
- 鉴定过程应确保公正、客观和科学，避免任何形式的偏见或不当影响。当事人对鉴定结论有异议的，有权申请重新鉴定，或按照法定程序提出申诉。
法律依据：
- 非法出版物的认定与处理主要依据《出版管理条例》的相关规定。该条例明确规定了非法出版物的定义、认定程序以及处罚措施等。
- 同时，《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国著作权法》等相关法律法规也为非法出版物的认定提供了明确的法律依据和处罚标准。
综上所述，非法出版物的认定是一个多部门协同工作的过程，涉及新闻出版行政部门、公安部门以及文化市场综合执法机构等多个部门。这些部门依据各自职责，共同维护出版市场的秩序和消费者的合法权益。如果您在非法出版物认定方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。