行政案件超期办理确实属于程序违法，但具体性质与后果需根据超期的严重程度及是否对当事人合法权益造成实质性影响来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、程序违法的认定
法定时限要求：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定（法律、法规、规章另有规定的，从其规定）。这一规定明确了行政案件办理的法定时限，超期未结案即构成程序违法。
超期办理的实例：
- 例如，某市监局对一起食品案件立案后，因内部审批流程拖延，未在90日内作出处罚决定，这直接违反了法定时限要求，构成程序违法。
二、超期办理的法律后果
对行政机关的影响：
- 司法审查风险：超期案件在行政诉讼中易被指摘程序违法，可能面临败诉风险。
- 公信力损害：长期拖沓的执法会削弱公众对行政机关的信任，影响政府形象。
- 内部追责：依据《行政机关公务员处分条例》，相关责任人可能因超期办理案件而受到警告、记过甚至撤职等处分。
对当事人的影响：
- 程序性权利受损：超期可能导致当事人无法及时行使陈述、申辩、听证等权利，影响案件的公正处理。
- 实体权益受侵害：超期调查可能使当事人的生产经营活动长期处于不确定状态，造成不必要的经济损失。例如，环保部门对工厂进行污染调查时超期数月，导致工厂不敢进行正常的生产和投资活动，遭受重大经济损失。
三、超期办理的例外情形与救济途径
例外情形：
- 若超期是由于轻微的、非故意的疏忽造成，且未对当事人的实体权利产生实质影响，可能被视为程序瑕疵而非程序违法。但这种情况较为少见，且需严格把握。
救济途径：
- 行政复议/诉讼：当事人可主张程序违法请求撤销处罚决定。需注意起诉期限为知道处罚决定之日起6个月内。
- 国家赔偿：若超期导致实际损失（如经营停滞），当事人可申请国家赔偿。例如，某商户因处罚超期无法及时整改，造成营业损失，最终成功获赔。
四、合规建议
行政机关应对措施：
- 建立预警机制：通过信息化系统监控案件进度，提前提醒临期案件，确保按时结案。
- 优化流程：简化内部审批环节，明确各环节时限责任人，提高办案效率。
- 特殊情形处理：确需延期的，依法履行报批手续并书面告知当事人延期理由及新时限。
当事人应对策略：
- 主动监督：定期查询案件进展，发现超期可书面催告并要求说明原因。
- 保留证据：保存超期证明（如受理通知书时间戳）、损失凭证等，为后续维权提供依据。
总结来说，行政案件超期办理通常构成程序违法，但具体后果需根据超期的严重程度及是否对当事人合法权益造成实质性影响来判断。行政机关应严格遵守法定时限，确保案件公正、高效处理；当事人也应密切关注案件进展，及时行使救济权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。