扣员工工时在大多数情况下是不合法的，但也有一些特定情形下可以依法调整或扣除。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。
- 第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。工时与工资直接相关，因此无故减少工时可能构成对工资的克扣。
法律后果：
- 如果用人单位违法扣除员工的工时，可能面临劳动行政部门的处罚，如责令限期支付工资报酬，逾期不支付的将受到加付赔偿金的处罚。
- 劳动者还有权要求用人单位补足被克扣的工时和对应的工资报酬，并可能主张经济赔偿金。
二、合法扣除工时的情形
虽然一般情况下扣员工工时是不合法的，但在以下特定情形下，用人单位可以依法调整员工的工作时间或扣除相应的工时：
法定事由：
- 如因自然灾害、战争等不可抗力原因导致无法正常工作，或法律、法规规定的其他情形。
规章制度约定：
- 用人单位的规章制度中明确规定了某些情况下可以扣除工时，且该规章制度经过民主程序制定并已向劳动者公示。例如，员工因违反公司规定或未完成工作任务，根据规章制度可以扣除一定工时作为惩罚或补偿。
协商一致：
- 用人单位与劳动者就调整工作时间或扣除工时达成一致意见，且不违反法律法规的强制性规定。这种情况下，双方应签订书面协议，明确调整或扣除的具体工时和原因。
劳动者过错：
- 如劳动者因个人原因（如迟到、早退、旷工等）未能完成工作任务，用人单位可以根据规章制度扣除相应的工时。但需注意，这种扣除必须合理且有据可依，不能随意进行，且扣除的工时不得超过劳动者实际未工作的工时。
三、建议与注意事项
用人单位：
- 应严格遵守法律法规，不得随意扣除员工的工时。如需调整工作时间或扣除工时，应确保有合法依据，并与劳动者进行充分沟通。
- 建立健全的规章制度，明确扣除工时的条件和程序，并向劳动者进行公示和告知。
劳动者：
- 如发现用人单位违法扣除工时，应及时与用人单位进行沟通协商，要求补足被克扣的工时和工资报酬。
- 如协商无果，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结来说，扣员工工时在大多数情况下是不合法的，但也有一些特定情形下可以依法调整或扣除。用人单位和劳动者都应了解相关法律法规，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。