建设工程合同纠纷在双方存在有效仲裁协议的前提下，是可以通过仲裁方式解决的。以下是对这一问题的详细分析：

一、仲裁的法律依据与适用性

根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以申请仲裁。建设工程合同纠纷作为典型的合同纠纷类型，自然属于仲裁的适用范围。同时，《中华人民共和国民事诉讼法》也规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这进一步明确了仲裁在解决建设工程合同纠纷中的法律地位。

二、仲裁协议的有效性

1. 形式与内容：仲裁协议可以是合同中的仲裁条款，也可以是纠纷发生后双方另行达成的书面协议。无论哪种形式，仲裁协议都必须明确约定仲裁事项和选定的仲裁委员会，这是仲裁协议有效性的关键。例如，双方可以在建设工程合同中约定：“因本合同产生的任何争议，均提交至XX仲裁委员会进行仲裁。”
2. 自愿原则：仲裁协议的达成必须基于双方当事人的自愿，任何强迫或欺诈行为都会导致仲裁协议的无效。这意味着，双方必须在平等、自愿的基础上达成仲裁协议，才能确保仲裁的合法性和有效性。
3. 排除法院管辖：一旦有了合法有效的仲裁协议，当事人就排除了法院对该纠纷的管辖权，只能通过仲裁途径解决争议。这有助于确保仲裁的终局性和权威性。

三、仲裁的优势

1. 程序灵活：与诉讼相比，仲裁程序更为灵活。当事人可以选择自己信任的仲裁员，并根据实际情况灵活安排仲裁程序，如选择开庭时间、地点等，提高纠纷解决的效率。
2. 专业性强：仲裁员通常具备专业的工程技术和法律知识，能够更好地理解和处理复杂的建设工程纠纷。这有助于确保裁决的公正性和准确性，维护当事人的合法权益。
3. 高效保密：仲裁实行一裁终局制，相较于诉讼的多级审判程序，能更高效地解决纠纷。同时，案件不公开审理，有利于保护当事人的商业秘密和声誉，避免不必要的公开和曝光。

四、仲裁的程序

1. 申请与受理：一方当事人认为发生建设工程合同纠纷时，可以向约定的仲裁委员会提出仲裁申请。仲裁委员会收到申请后，会进行审查并决定是否受理。
2. 组庭与答辩：仲裁委员会受理案件后，会根据仲裁规则组成仲裁庭。被申请人需要在规定时间内提交答辩书及相关证据材料，以支持自己的主张。
3. 开庭审理：仲裁庭会安排开庭时间，双方当事人需要按时出庭参加庭审。庭审中，双方可以进行陈述、举证、质证等程序，以充分表达自己的意见和诉求。
4. 作出裁决：仲裁庭根据庭审情况和相关法律规定，作出裁决书。裁决书自作出之日起发生法律效力，当事人应当遵守裁决结果。

五、注意事项

1. 确保仲裁协议的有效性：当事人在签订建设工程合同时，应明确约定仲裁条款或在争议发生后达成书面仲裁协议，并确保仲裁协议的内容合法、有效。
2. 选择合适的仲裁机构：当事人可以选择双方信任的仲裁机构进行仲裁。在选择仲裁机构时，应考虑其专业性、信誉度和效率等因素，以确保仲裁的公正性和有效性。
3. 充分准备证据材料：在仲裁过程中，证据的收集和整理至关重要。当事人应充分准备相关证据材料，以支持自己的主张，并确保证据的真实性、合法性和关联性。

总结来说，建设工程合同纠纷在双方存在有效仲裁协议的前提下，是可以通过仲裁方式解决的。仲裁具有程序灵活、专业性强、高效保密等优势，适用于处理复杂的建设工程纠纷。当事人在选择仲裁作为纠纷解决方式时，应充分了解仲裁的相关规定和程序要求，并确保双方已达成有效的仲裁协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。