当公司涉及刑事案件时，关于能否进行清算注销的问题，这确实是一个相对复杂且需要细致考虑的情况。以下是我为您提供的详细解答：

一、理论上注销的可能性

从法律条文的角度来看，法定代表人存在刑事案件并非公司注销的法定禁止情形。只要公司能够按照法定程序进行清算，包括通知债权人、清理债权债务、完成税务清缴等，理论上是可以申请注销登记的。这要求公司必须确保所有债务已得到妥善清偿，无未了结的民事纠纷，并且清算程序必须合规，清算报告需公正、透明。

二、实际操作中的限制与考量

然而，在实际操作中，法人涉及刑事案件往往会对公司注销产生一系列限制和影响：

1. 清算障碍：

   • 如果法定代表人因刑事案件被限制人身自由，他将无法正常履行清算职责，这可能会严重影响清算程序的顺利进行。
   • 若刑事案件涉及公司财产的查封、扣押、冻结等措施，这将直接影响公司资产的清理和处置，进而阻碍注销进程。

2. 税务核查与完税证明：

   • 税务机关在公司注销时会进行严格核查，特别是当法定代表人涉及的刑事案件与税务违法犯罪有关时。税务机关需要确认公司无税务问题后，才会出具完税证明。这个过程可能会因为刑事案件的调查而延迟。

3. 工商部门审批与其他部门监管：

   • 工商部门在受理注销申请时，会审查清算报告等材料。如果发现材料不完整或存在未解决问题，可能会要求补充或说明情况。如果法定代表人无法配合，注销流程将受阻。
   • 其他相关部门（如市场监管、环保等）也可能根据公司具体情况提出监管要求，这同样会影响注销进度。

4. 债权人利益保护：

   • 如果法定代表人的刑事案件导致公司信誉受损或债权人对偿债能力产生怀疑，债权人可能会通过法律途径阻止公司注销，以维护自身权益。

5. 案件性质与公司关联度：

   • 如果案件与公司经营直接相关，如涉及非法经营或犯罪活动，公司在案件处理完毕前通常不得注销。这是为了避免公司逃避法律责任。

三、建议与指导

鉴于上述复杂性和不确定性，我建议您在公司涉及刑事案件时，谨慎考虑注销事宜。首先，咨询专业律师以获取准确指导是非常必要的。律师将根据具体案情、公司经营状况及法律程序要求，为您提供针对性的解决方案和建议。其次，公司应积极配合相关部门的工作，确保注销过程的合法性和合规性。如果可能的话，尽量在案件处理完毕或相关问题解决后再进行注销申请，以减少不必要的麻烦和风险。

综上所述，公司涉及刑事案件时能否进行清算注销并没有一个简单的答案。它取决于案件的性质、公司经营状况以及法律程序要求等多个因素。因此，在做出决策前，请务必咨询专业律师并谨慎考虑所有相关因素。