结论前置：公司在有案子（即涉及法律纠纷或执行案件）的情况下，通常不可以直接注销，必须待所有法律事务处理完毕，并履行完相关债务或法律义务后，方可依法申请注销。
详细分析：
诉讼阶段的影响：
- 当公司作为原告或被告参与诉讼时，其法人资格在诉讼期间是持续存在的。若此时注销公司，将导致诉讼主体不适格，影响诉讼程序的正常进行。根据相关法律规定，企业法人在解散并依法清算注销前，仍应作为当事人参与诉讼。因此，在诉讼阶段，公司无法直接注销。
执行阶段的限制：
- 若案件已进入执行阶段，公司同样不能注销。执行阶段是法院确保公司履行生效法律文书确定义务的过程。若公司注销，将导致债权人权益受损，且可能构成恶意逃避执行的行为。根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》，若公司未经清算即办理注销登记，导致无法清算，申请执行人有权申请变更、追加公司的股东或董事等为被执行人，对公司债务承担连带清偿责任。
清算义务与债务履行的必要性：
- 公司在申请注销前，必须进行全面的清算工作，包括清理公司财产、编制资产负债表、通知和公告债权人、处理未了结业务、清缴税款以及清理债权债务等。这是注销程序的先决条件，也是保护债权人合法权益的重要措施。若公司存在尚未履行的债务或清算义务，将无法完成注销程序。
特殊情况下的注销：
- 在特定情况下，如公司已与对方达成和解并完全履行法律义务，或获得胜诉判决且无其他潜在纠纷，同时已按法定程序完成清算工作，则可申请注销营业执照。但这种情况较为少见，且需要满足严格的条件。
法律后果与风险提示：
- 若公司在有案子的情况下擅自注销，将可能面临严重的法律后果。除了可能被追究股东或董事等个人的连带责任外，还可能影响公司的信用记录，对未来可能的商业活动造成不利影响。因此，公司应严格遵守相关法律法规，确保在注销前妥善处理所有法律事务和清算义务。
建议与指导：
- 对于涉及法律案件的公司，建议先积极处理这些法律事务，确保所有纠纷得到妥善解决，并履行完相关清算义务后，再按照法定程序申请注销营业执照。
- 在处理法律事务和清算义务的过程中，公司应咨询专业律师（即我本人，刘毅律师，专注于法律顾问、婚姻家庭领域）的意见和指导，以确保操作的合法性和有效性。
综上所述，公司在有案子的情况下通常不可以直接注销，而应先妥善处理所有法律事务和清算义务后，再依法申请注销。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。