公司在有诉讼案件的情况下可以申请注销，但此过程需谨慎处理，且必须依法依规进行。

首先，注销前公司需要依法开展清算工作。这一步骤至关重要，因为它涉及到对公司所有债权债务的清理，特别是与诉讼相关的债权债务。如果公司是原告，应及时与法院沟通案件进展，确保自身的诉讼权利得到妥善落实；如果公司是被告，则应积极应对诉讼，并履行应尽的义务。

其次，完成清算后，公司需要按规定进行登报公告，通知债权人申报债权。如果债权人在公告期内申报了债权，公司必须依法进行清偿。如果债权人未申报，公司仍可能需要承担相应的法律责任。这是因为，即使公司注销，其之前的法律行为和债务关系仍然有效，不能因注销而逃避。

最后，经过上述程序后，公司可以向登记机关申请注销登记。一旦注销登记完成，公司的主体资格就消灭了。但需要注意的是，如果之后发现注销前有诉讼相关问题没有处理好，相关责任人可能需要承担法律责任。

此外，特别需要强调的是，公司不能通过注销来逃避债务。如果公司试图借注销来规避法律责任，债权人可以依据相关法律规定要求股东、董事等承担相应责任。因此，公司在有诉讼的情况下申请注销，必须严格依法依规操作，避免引发后续的法律风险。

综上所述，虽然公司在有诉讼案件的情况下可以申请注销，但此过程需要谨慎处理，并确保所有法律程序和债务关系都得到妥善解决。