公司有正在进行的诉讼，一般情况下是不可以直接申请注销的，但需视具体情况而定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 诉讼未进入实质性审理阶段

如果公司涉及的诉讼尚未进入实质性审理阶段，且公司能够妥善处理好相关诉讼事宜，例如已与原告达成和解协议，解决了纠纷，在符合注销法定条件的情况下，是可以进行注销的。不过，这要求公司在注销前必须依法完成清算程序，清理债权债务，确保所有法律事务得到妥善处理。

2. 诉讼已进入审理程序

若诉讼已进入审理程序，尤其是处于较为关键的阶段，如正在进行庭审或等待判决结果，此时注销公司可能会面临一些法律风险。法院可能会对注销行为提出异议，要求公司在诉讼处理完毕后再进行注销。这是因为注销公司意味着其法人资格的终止，而诉讼过程中公司作为诉讼当事人，其主体资格在法律程序中有重要意义。若在诉讼未了结时注销公司，可能导致诉讼程序无法正常进行，损害债权人或其他诉讼当事人的合法权益。

3. 债权人利益保护

在注销过程中，还需特别考虑债权人的利益。根据法律规定，公司注销前必须依法进行清算，清偿所有债务，处理好包括诉讼在内的各项事务。如果公司在注销过程中有未清偿的债务，债权人可能会对注销行为提出异议，要求公司承担相应责任。若公司未经依法清算即办理注销登记，导致债权人的债权无法实现，债权人有权要求有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。

4. 注销程序与法律责任

公司进行注销需要严格按照法定的程序来进行，包括做好清算组的备案工作、进行公告、按照规定提交注销申请等一系列手续。在整个注销的过程当中，工商行政管理部门会对公司的债务以及诉讼等各种情况进行细致的审查。如果公司注销程序存在瑕疵，或者未依法处理好相关诉讼事宜，可能会引发后续法律纠纷，相关责任人员可能需要承担法律责任。

法律建议：

• 如果公司确实面临注销的需求，且存在正在进行的诉讼，建议公司首先与诉讼对方进行协商，争取达成和解或调解协议，以尽快解决诉讼纠纷。
• 同时，公司应依法进行清算程序，确保所有债权债务得到妥善处理。在清算过程中，清算组应代表公司参与诉讼，处理涉及公司的未了结业务。
• 如果公司决定注销，应在注销前向工商行政管理部门提交完整的清算报告和相关证明文件，确保注销程序的合法性和有效性。

可能的法律后果：

• 如果公司未经依法清算即办理注销登记，导致债权人的债权无法实现，相关责任人员可能需要承担清偿责任。
• 如果公司在注销过程中存在欺诈、隐瞒等违法行为，可能会面临行政处罚甚至刑事责任。

综上所述，公司有正在进行的诉讼时，注销需谨慎处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。