结论前置：公司有正在上诉的案件时，一般不能直接注销。需先解决所有法律纠纷，确保债权债务关系清晰且无纠纷隐患后，方可依法进行清算和注销。

详细分析：

1. 法律规定与限制：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司在清算期间需要处理公司财产、编制资产负债表和财产清单，并通知债权人申报债权。若公司有未了结的诉讼案件，这些案件可能涉及公司的债权债务关系，因此需要在清算过程中予以妥善处理。在清算结束前，公司不得分配剩余财产，且需依法办理注销登记。这意味着，在有未决诉讼的情况下，公司无法完成清算程序，从而无法直接注销。
   • 此外，《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等法律法规也明确规定了企业在有未决诉讼时不能随意注销的原则，旨在保护债权人的合法权益，防止企业通过注销来逃避债务。

2. 实际影响与后果：

   • 对债权人的影响：如果公司在有诉讼案件的情况下注销，可能导致债权人的权益无法得到保障。因为注销后，企业的法人资格终止，债权人可能难以追讨债务。
   • 对企业的影响：企业试图通过注销来逃避诉讼责任是违法的行为。一旦被发现，企业及其相关责任人可能面临法律责任，包括罚款、赔偿损失等。此外，这种行为还可能损害企业的商业信誉和形象，对未来的经营产生不利影响。

3. 合法处理方式：

   • 解决诉讼后再注销：企业应首先积极应对诉讼案件，通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷。在诉讼案件得到妥善处理后，再按照法定程序进行清算和注销。
   • 特殊情况下的处理：在特殊情况下，如企业因资不抵债而进入破产程序，可能会根据法院的裁定进行破产清算和注销。但这种情况需要严格遵循法律规定的程序和条件，包括但不限于债权人会议的决议、法院的破产裁定等。

4. 注销过程中的法律注意事项：

   • 公司在注销前必须确保所有债务已清偿，包括诉讼案件中的潜在债务。否则，即使注销后，债权人仍有权追索，原股东或相关责任人可能面临法律责任。
   • 若公司存在不能清偿到期债务，且资产不足以清偿全部债务或明显缺乏清偿能力的情形，应依法申请破产，而不是直接注销。
   • 注销过程中需严格遵循相关法律法规，包括但不限于清算程序的合法性、债权人通知的及时性等。未依法清算即办理注销登记，可能导致公司股东、董事等承担法律责任。

实例说明： 假设某公司因合同纠纷被另一公司起诉，并在一审中败诉后提起上诉。在上诉期间，该公司试图通过注销来逃避可能的赔偿责任。然而，由于该公司存在未了结的诉讼案件，其注销申请很可能被市场监管部门驳回。即使该公司通过不正当手段完成了注销登记，一旦败诉，其原股东或相关责任人仍可能面临被追索赔偿的法律风险。

总结与建议： 公司有正在上诉的案件时，应优先解决法律纠纷，确保债权债务清晰无争议后，再依法进行清算和注销。这一做法既保护了债权人的合法权益，也维护了市场的公平与正义。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。