未取得施工许可证擅自施工超过两年的处罚，主要包括责令停止施工、限期改正以及罚款等。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，未取得施工许可证或开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，并可以处以罚款。
   • 《建筑工程施工许可管理办法》第十二条也明确规定，对于未取得施工许可证或者为规避办理施工许可证将工程项目分解后擅自施工的，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正，并对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下的罚款，对施工单位处3万元以下的罚款。

2. 处罚措施：

   • 责令停止施工：未取得施工许可证擅自施工是违法行为，相关主管部门将首先责令违规单位停止施工。
   • 限期改正：在责令停止施工的同时，主管部门还会要求违规单位在限期内改正违法行为，即补办施工许可证或按照相关规定进行整改。
   • 罚款：除了责令停止施工和限期改正外，违规单位还可能面临罚款处罚。具体罚款数额由主管部门根据实际情况决定，但通常会在工程合同价款的1%至2%之间（对建设单位），或对施工单位处以3万元以下的罚款。

3. 特殊情况：

   • 如果发证机关及其工作人员的原因导致建设单位未能及时取得施工许可证而施工，建设单位和施工单位将不会受到罚款处罚。但这并不免除其补办施工许可证或进行整改的义务。

4. 实际执行与建议：

   • 在实际执行中，未取得施工许可证擅自施工的行为可能会受到更严厉的处罚，特别是当该行为导致工程质量问题、安全事故或严重扰乱建筑市场秩序时。
   • 因此，建议建设单位和施工单位在开工前务必确保已经取得合法的施工许可证，并严格遵守相关法律法规和规定，以确保工程项目的合法性和合规性。

综上所述，未取得施工许可证擅自施工超过两年将面临严重的法律后果。为避免不必要的法律风险和经济损失，建议相关单位严格遵守施工许可证制度，确保工程项目的合法合规进行。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。