已经发了中标通知书还遭质疑，这确实是一个需要谨慎处理的情况。不过别担心，我会从多个角度为你分析并提供相应的法律建议。
一、中标通知书的法律效力
首先，要明确的是，中标通知书在法律上具有相当的效力。它通常被视为招标人对中标人发出的正式承诺，表明招标人愿意与中标人按照招标文件和中标人的投标文件所确定的内容签订合同。因此，一旦中标通知书发出，除非存在法定或约定的解除条件，否则招标人通常不能随意撤销或变更。
二、面对质疑的应对策略
核实质疑内容：
- 当收到质疑时，首先要做的是核实质疑的具体内容。了解质疑方是谁，质疑的具体事项是什么，以及质疑的依据是什么。这有助于你更准确地判断质疑的合理性和合法性。
分析质疑的合法性：
- 根据相关法律法规和招标文件的规定，分析质疑是否合法。例如，质疑是否在规定的期限内提出，质疑的内容是否属于可以质疑的范围，质疑的依据是否充分等。
- 如果质疑不合法或缺乏依据，你可以向质疑方发出书面回复，说明质疑的不合理性，并要求其撤回质疑。
沟通协商：
- 在处理质疑时，沟通协商是非常重要的一环。你可以尝试与质疑方进行面对面的沟通或电话沟通，了解其真实意图和诉求，并寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果质疑方提出合理的诉求或建议，你可以考虑在合同签订前进行适当的调整或补充，以消除质疑方的顾虑。
法律途径：
- 如果质疑方坚持其质疑，且质疑具有合法性和合理性，而你又无法通过沟通协商解决争议，那么你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
- 你可以向相关行政主管部门投诉或申请行政复议，或者根据招标文件中的争议解决条款向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
三、预防类似情况再次发生的建议
完善招标文件：
- 在未来的招标活动中，建议进一步完善招标文件的内容，明确中标通知书的法律效力、合同签订的时间和方式、争议解决的方式等关键条款。
- 同时，可以在招标文件中设置质疑和投诉的条款，明确质疑和投诉的期限、方式、处理程序等，以便在出现类似情况时能够迅速、有效地处理。
加强沟通与协调：
- 在招标过程中，加强与投标人的沟通与协调，及时解答其疑问和关注的问题，减少误解和争议的发生。
- 在发出中标通知书前，可以与中标人进行初步的合同谈判和协商，确保双方对合同的主要条款达成一致意见。
建立争议解决机制：
- 考虑建立一套完善的争议解决机制，包括内部调解、外部仲裁或诉讼等多元化解决方式。这有助于在出现争议时能够迅速、有效地解决问题，维护双方的合法权益。
最后，我想强调的是，面对已经发了中标通知书还遭质疑的情况，一定要保持冷静和理性，不要轻易采取过激或违法的行为。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况和需求，为你提供专业、全面的法律服务。