农田互换协议在符合法定条件的情况下是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

合法性基础

农田互换，本质上属于土地承包经营权的流转。根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，土地承包经营权人可以依法采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转土地承包经营权。因此，农田互换协议在双方自愿、平等、公平的基础上签订，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的，是合法有效的。

合法性要件

为了确保农田互换协议的合法性，需要满足以下条件：

1. 双方自愿：互换协议必须是双方真实意思的表示，任何一方不得强迫或欺诈对方签订协议。
2. 平等协商：双方在签订协议时，地位平等，享有平等的权利和义务，不得存在显失公平的情况。
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定：互换协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，如不得改变土地的农业用途，不得损害集体和第三人的利益等。
4. 不违背公序良俗：互换协议的内容应当符合社会公德和公共利益，不得违背公序良俗。

实际操作建议

1. 签订书面协议：为了明确双方的权利和义务，避免纠纷的发生，建议双方签订书面的农田互换协议。协议中应明确互换的土地位置、面积、四至界限、互换期限、互换后的土地用途等关键条款。
2. 办理备案或登记手续：根据当地的规定，可能需要办理相关的备案或登记手续，以确保互换协议的合法性和有效性。建议咨询当地农业部门或土地管理部门，了解具体的办理流程和要求。
3. 保留相关证据：在签订和履行互换协议的过程中，建议双方保留好相关的证据，如协议文本、土地权属证明、支付凭证等，以备不时之需。

可能的法律后果

如果农田互换协议违反了法律、行政法规的强制性规定或违背了公序良俗，那么该协议可能被认定为无效。无效的协议自始没有法律约束力，双方应当恢复到协议签订前的状态，并可能因过错承担相应的法律责任。

总结来说，农田互换协议在符合法定条件的情况下是合法的。为了确保协议的合法性和有效性，建议双方在签订协议前充分了解相关法律法规和政策要求，并在平等、自愿、公平的基础上签订书面协议。如果你在农田互换过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。