当过期商品被检查出来时，核心处理原则是立即停止销售、主动配合调查、积极整改并承担相应法律责任。以下是具体分析和建议：

1. 立即停止销售并下架商品
   根据《食品安全法》《产品质量法》等规定，销售过期商品属于违法行为。发现后应第一时间将同类商品全部下架，避免问题扩大。若涉及食品，还需按《食品安全法》第34条第10项规定，禁止经营超过保质期的食品。

2. 配合行政机关调查
   市场监管部门检查时，需如实提供进货记录、销售台账等证据。若商品是供应商提供，需保留相关合同、质检报告等材料，以便后续追溯责任。根据《行政处罚法》第32条，主动配合调查可争取从轻或减轻处罚。

3. 主动整改并消除影响

   • 对已售出的过期商品，需通过公告、短信等方式召回，并退还消费者货款；
     
   • 完善内部管理制度，例如设置保质期预警系统、定期盘点库存等；
     
   • 对员工进行培训，强化法律意识和操作规范。

4. 承担法律责任

   • 行政责任：根据《食品安全法》第124条，销售过期食品可能面临没收违法所得、罚款（最低5万元起）等处罚；若情节严重，还可能吊销许可证。
     
   • 民事责任：消费者有权要求赔偿损失（如医疗费、误工费等），若造成人身损害，还可主张惩罚性赔偿（如价款10倍或损失3倍的赔偿）。
     
   • 刑事责任：若销售过期食品导致严重食物中毒等后果，可能构成《刑法》第143条的“生产、销售不符合安全标准的食品罪”，最高可处7年有期徒刑。

5. 特殊情形处理

   • 若商品刚过期1-2天且未造成危害，可向监管部门说明情况，争取减轻处罚；
     
   • 若商品被恶意调包或诬陷，需及时报警并固定证据（如监控录像、商品包装等），通过法律途径维权。

建议：若涉及批量商品或复杂情况，可整理进货单据、销售记录等材料，进一步向我咨询具体应对方案。我会结合证据和当地执法标准，帮你制定最优处理策略。