施工单位中标后自己进行清标，在符合相关法律法规和招标文件规定的情况下，是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、清标的定义与性质
清标，通常指的是在招标投标过程中，对投标文件进行详细审查和整理，以确保投标文件的合规性、完整性和准确性。这一过程本身并不涉及对投标文件内容的实质性修改或评判，而是为后续的评标工作提供基础资料。
二、施工单位自行清标的合法性
法律法规层面：
- 目前，我国并没有明确的法律法规禁止施工单位在中标后自行进行清标工作。只要清标过程不违反相关法律法规的规定，如不泄露投标信息、不篡改投标文件等，施工单位自行清标是合法的。
招标文件规定：
- 招标文件是招标投标活动的法律依据，其中通常会明确规定清标的程序、要求和责任等。如果招标文件允许施工单位在中标后自行清标，或者未明确禁止施工单位自行清标，那么施工单位按照招标文件的规定进行清标是合法的。
实际操作层面：
- 在实际操作中，施工单位自行清标可能有助于其更好地了解投标文件的内容，为后续的合同履行做好准备。然而，施工单位在清标过程中应确保不侵犯其他投标人的合法权益，不泄露投标信息，不篡改投标文件等。
三、施工单位自行清标需注意的事项
遵守法律法规：
- 施工单位在自行清标过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，确保清标活动的合法性和合规性。
遵循招标文件：
- 施工单位应仔细阅读招标文件，了解清标的程序、要求和责任等，并按照招标文件的规定进行清标工作。
保护投标信息：
- 施工单位在清标过程中，应妥善保管投标文件，防止投标信息泄露给无关人员，确保投标信息的保密性。
不篡改投标文件：
- 施工单位在清标过程中，不得对投标文件进行任何形式的篡改或修改，确保投标文件的真实性和完整性。
四、可能存在的风险与应对
风险：
- 如果施工单位在自行清标过程中违反了相关法律法规或招标文件的规定，可能会面临法律责任和招标人的处罚，如被取消中标资格、承担违约责任等。
应对：
- 施工单位应加强内部管理，确保清标工作的合规性和合法性。同时，可以寻求专业法律人士的帮助，对清标过程进行法律审查和监督，以降低法律风险。
总结来说，施工单位中标后自己进行清标，在符合相关法律法规和招标文件规定的情况下，是合法的。但施工单位在清标过程中应严格遵守法律法规和招标文件的规定，确保清标活动的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。