车牌借用协议书在大多数情况下是不合法的，存在显著的法律风险和违反相关规定的情况。以下是对此问题的详细分析：
一、车牌借用协议书的合法性原则
法律原则：虽然从法律原则上讲，如果双方自愿签订车牌借用协议书，并且协议内容不违反国家强制性法律法规，理论上该协议是有效的。但实际上，车牌作为行政许可资源，其分配和使用受到严格的行政管理规定和公序良俗原则的约束。
地方政策与行政管理规定：由于车牌资源的紧张，许多城市采取了摇号、竞价等限购措施来分配车牌，并明确规定车牌指标不得转让、出租或出借。例如，《北京市小客车数量调控暂行规定》及《上海市非营业性客车额度拍卖管理规定》均明确禁止车牌的私自转让、出租和出借。因此，在这些地区，车牌借用协议书将因违反地方政策而无效。
公序良俗原则：车牌作为公共资源，其分配应体现公平、公正。车牌借用行为破坏了这种公平性，使部分人通过不正当手段获取车牌使用资格，损害了其他遵守规则者的利益，违背了社会公共道德和公平原则。
二、车牌借用协议书无效的后果
财产返还：一旦车牌借用协议书被认定无效，双方因该协议取得的财产应当相互返还。承租方需归还车牌，出租方则需退还已收取的借用费用（如果有的话）。
纠纷处理：借用期间因车辆使用产生的纠纷，如交通事故赔偿责任、违章处理等，不能仅依据无效的借用协议来确定双方的权利和义务，而应依法进行处理。这可能导致双方陷入复杂的法律纠纷中，增加解决成本和时间。
三、签订车牌借用协议书前的建议
了解地方政策：在签订车牌借用协议书前，双方务必详细了解当地的交通法规和政策，确保协议的合法性和有效性。如果当地政策明确禁止车牌的借用、出租或转让，那么签订此类协议将面临极大的法律风险。
谨慎决策：鉴于车牌借用协议书的复杂性及其可能带来的法律风险，双方在签订前应充分权衡利弊，谨慎决策。不要因为一时的便利或利益而忽视潜在的法律后果。
四、特殊情况下的考虑
在某些特殊情况下，如家庭成员之间的车牌借用（且符合当地政策规定），可能存在一定的合法性空间。但即便如此，也建议双方签订书面协议，明确各自的权利和义务，以避免未来可能出现的纠纷。然而，在大多数情况下，家庭成员之间的车牌借用也仍然需要谨慎对待，并确保符合相关法律法规和政策规定。
总结来说，车牌借用协议书在大多数情况下是不合法的，存在显著的法律风险和违反相关规定的情况。因此，我建议个人或单位不要参与车牌借用的行为，而是通过正规渠道购买车辆并办理合法的车牌手续。如果确实存在车牌使用的需求，建议咨询当地交通管理部门或相关法律机构，了解具体的政策规定和合法途径。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。