结论：工伤不认定时，员工不可以直接向法院提起民事诉讼要求工伤赔偿，但可以直接向法院提起行政诉讼来挑战工伤认定的结果。在特定情况下，若工伤认定申请超过法定时限且未超民事诉讼时效，员工可以提起民事诉讼，但只能以人身损害赔偿为由主张权益。以下是对这一问题的详细分析：

一、工伤认定的法律程序与重要性

1. 申请流程：根据《工伤保险条例》，工伤认定申请应在事故伤害发生之日起一年内由用人单位或工伤职工（及其直系亲属、工会组织）提出。这是享受工伤保险待遇的基础，未经此程序，员工难以直接获得工伤赔偿。

2. 审查与决定：劳动行政部门负责审查工伤认定申请，并作出是否认定为工伤的决定。此决定对后续的法律救济途径具有决定性影响。若劳动行政部门不予认定工伤，员工需通过其他法律途径来维护自己的权益。

二、工伤不认定时的法律救济途径

1. 行政诉讼：

   • 法律依据：员工对工伤认定结果不服，可直接向法院提起行政诉讼，请求法院撤销或变更劳动行政部门的工伤认定决定。这是挑战工伤认定结果的主要法律途径。
   • 时效期限：提起诉讼的时效为自知道或应当知道行政行为之日起六个月内。员工需在此期限内提起诉讼，否则可能丧失救济权利。

2. 民事诉讼（特殊情况）：

   • 适用条件：若工伤认定申请已超过法定的一年期限，且未超过民事诉讼时效（一般为三年），员工可提起民事诉讼。但此时只能以人身损害赔偿为由主张权益，不能要求工伤赔偿。
   • 注意事项：民事诉讼的路径较为复杂，且赔偿标准可能与工伤保险待遇不同。员工在提起民事诉讼前，需充分评估自己的权益和诉讼风险。

三、工伤不认定的特殊情况

根据《工伤保险条例》，以下情形不得认定为工伤或视同工伤：

• 职工因犯罪或违反治安管理伤亡的。
• 职工因醉酒导致伤亡的。
• 职工自残或自杀的。

这些特殊情况下的伤害，即使发生在工作范围和工作时间内，也不符合工伤认定的条件。员工在申请工伤认定时，需确保自己的伤害情况符合工伤认定的标准。

四、具体操作建议

1. 及时申请工伤认定：员工在发生工伤事故后，应尽快向用人单位或劳动行政部门提出工伤认定申请，以确保自己的权益得到及时保障。

2. 准备充分证据：在申请工伤认定或提起诉讼时，员工需准备充分的证据来证明自己的伤害情况、劳动关系以及工伤事故的发生等事实。这些证据可能包括劳动合同、工资单、医疗诊断证明、工伤事故报告等。

3. 咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了详细的法律分析，但每个具体案件的情况都有所不同。如果你在处理工伤纠纷时遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供有针对性的法律建议。

总结与建议：工伤认定是处理工伤纠纷的重要前置程序，对于员工的权益保护至关重要。在遭遇工伤不认定的情况下，员工应了解并选择合适的法律救济途径来维护自己的权益。同时，建议员工在申请工伤认定时及时、准确地提供相关证据和材料，以确保自己的权益得到最大程度的保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。